Concept
Protein Data Bank
Concepts associés (19)
Nuclear magnetic resonance spectroscopy of proteins
Nuclear magnetic resonance spectroscopy of proteins (usually abbreviated protein NMR) is a field of structural biology in which NMR spectroscopy is used to obtain information about the structure and dynamics of proteins, and also nucleic acids, and their complexes. The field was pioneered by Richard R. Ernst and Kurt Wüthrich at the ETH, and by Ad Bax, Marius Clore, Angela Gronenborn at the NIH, and Gerhard Wagner at Harvard University, among others.
Cryomicroscopie électronique
vignette|Un microscope électronique en transmission (2003). La cryomicroscopie électronique (cryo-ME) correspond à une technique particulière de préparation d’échantillons biologiques utilisée en microscopie électronique en transmission. Développée au début des années 1980, cette technique permet de réduire les dommages d’irradiation causés par le faisceau d’électrons. Elle permet également de préserver la morphologie et la structure des échantillons.
Structural genomics
Structural genomics seeks to describe the 3-dimensional structure of every protein encoded by a given genome. This genome-based approach allows for a high-throughput method of structure determination by a combination of experimental and modeling approaches. The principal difference between structural genomics and traditional structural prediction is that structural genomics attempts to determine the structure of every protein encoded by the genome, rather than focusing on one particular protein.
Jmol
Jmol est un logiciel libre de visualisation de structures chimiques en 3D. Il est principalement utilisé par les étudiants, les professeurs et les chercheurs en chimie et en biologie structurale. Il est développé en Java et est multi-plateformes. Ainsi, il fonctionne sous Windows, Mac OS X, Linux et les systèmes Unix. Le logiciel est disponible sous trois formes : Une application indépendante ; Un kit logiciel pour intégrer Jmol dans d'autres applications Java ; Une applet Java qui peut être intégrée au sein de page Web et qui offre de nombreuses possibilités de visualiser des molécules.
Structure des protéines
La structure des protéines est la composition en acides aminés et la conformation en trois dimensions des protéines. Elle décrit la position relative des différents atomes qui composent une protéine donnée. Les protéines sont des macromolécules de la cellule, dont elles constituent la « boîte à outils », lui permettant de digérer sa nourriture, produire son énergie, de fabriquer ses constituants, de se déplacer, etc. Elles se composent d'un enchaînement linéaire d'acides aminés liés par des liaisons peptidiques.
Biologie structurale
vignette|droite|Structure 3D de la myoglobine du grand cachalot (PDB ID 1MBO), la première protéine dont la structure a été résolue par cristallographie aux rayons X par John Kendrew et al. en 1958. La biologie structurale est la branche de la biologie qui étudie la structure et l'organisation spatiale des macromolécules biologiques, principalement les protéines et les acides nucléiques.
Modèle ruban
Le modèle ruban est une modélisation moléculaire de la structures des protéines. Un ruban permet de visualisr des éléments de la structure secondaire comme une hélice alpha ou un feuillet bêta et permet de représenter la structure tertiaire. Les divers peptides peuvent être distingués par des couleurs. Les modèles ruban sont utilisés en modélisation moléculaire par exemple en . Le modèle a été établi par Jane Richardson en 1980/1981. thumb|Glyoxalase.
RasMol
RasMol est un logiciel de graphisme moléculaire gratuit permettant de représenter des molécules en 3D à partir de différents formats standards de fichiers de représentation de molécules. Il fonctionne sur plateformes MacOS, Windows et Linux. Les types de fichier acceptés par RasMol sont entre autres les formats : PDB (Protein Data Bank) MDL (Molecular Design Limited) MSC (Minnesota Supercomputer Center) CIF Il utilise les possibilités des cartes graphiques 3D pour faire tourner en temps réel dans l'espace les molécules importées, puis éventuellement le nouvel ensemble de molécules ainsi assemblé.
Proteopedia
Proteopedia est un wiki en anglais présentant des modélisations 3D de protéines et d'autres molécules biologiques. Le site propose une page pour chaque entrée du Protein Data Bank (plus de ), mais aussi des pages concernant la description des structures des constituants des protéines au sens large et des articles annexes portant par exemple sur les acétylcholinestérases, l’hémoglobine ou le Photosystème II. Ces descriptions 3D utilisent des images élaborées via Jmol, une applet Java.
Prédiction de la structure des protéines
La prédiction de la structure des protéines est l'inférence de la structure tridimensionnelle des protéines à partir de leur séquences d'acides aminés, c'est-à-dire la prédiction de leur pliage et de leur structures secondaire et tertiaire à partir de leur structure primaire. La prédiction de la structure est fondamentalement différente du problème inverse de la conception des protéines. Elle est l'un des objectifs les plus importants poursuivis par la bioinformatique et la chimie théorique.