droite|vignette|redresse=1.2|alt=Carte géographique de l'Indonésie, colorée en fonction du groupe religieux majoritaire de chaque région.|Carte des religions majoritaires en Indonésie.
Le christianisme est, statistiquement, la deuxième religion de lIndonésie, après l'Islam. En 2018, il rassemble un peu plus de vingt-huit millions de fidèles, soit 10,7% environ de la population.
Certains historiens font remonter l'histoire du christianisme indonésien au christianisme primitif et à l'évangélisation des nestoriens, entre le . De manière certaine, le christianisme est ensuite introduit dans l'archipel au seizième siècle par les catholiques portugais. À partir du , la mainmise progressive de la Compagnie néerlandaise des Indes orientales amène de plus en plus de protestants hollandais, ce qui s'accroît encore avec la création des Indes orientales néerlandaises.
La coexistence des communautés chrétiennes et musulmanes est généralement facile en Indonésie. Toutefois, à la fin du et au début du , des conflits meurtriers opposent ces deux groupes, dans un contexte où les causes premières du conflit sont plus politiques et économiques que religieuses, mais où l'appartenance à l'une ou l'autre religion est utilisée comme amplificateur du conflit.
Certaines sources anciennes et découvertes archéologiques suggèrent la possible existence d'une communauté chrétienne dans le nord de Sumatra, remontant au septième siècle ; son existence pourrait être plus solidement établie à partir du neuvième siècle.
Le christianisme constitue la principale minorité religieuse du pays et rassemble un peu plus de dix pour cent de la population.
La cohabitation entre chrétiens et musulmans est généralement paisible en Indonésie, notamment sous le régime de Soeharto. Dans les îles de Sumatra et de Java notamment, les groupes religieux vivent en assez bonne entente. Toutefois, cette coexistence pacifique doit déjà être nuancée à l’époque, avec une douzaine d'attaques annuelles contre des églises chrétiennes ; par ailleurs, elle n’allait généralement pas jusqu'à ce que des mariages mixtes aient lieu, ou alors ces mariages nécessitaient la conversion de l'un des deux membres du couple.