Johor, anciennement Johore pour les Britanniques (Jawi :جوهور), est un État du sud de la Malaisie. Sa capitale est Johor Bahru, autrefois Tanjung Puteri. Le titre honorifique de l'État est Darul Ta'azim.
En 1511, une flotte portugaise, partie de Goa en Inde sous le commandement du vice-roi Afonso de Albuquerque, s'empare de Malacca. Le sultan Mahmud déplace sa cour dans plusieurs lieux de la péninsule Malaise, puis dans l'île de Bintan dans les îles Riau, pour finalement fonder Johor à la pointe sud en 1518. Johor tentera à plusieurs reprises de reconquérir Malacca, sans succès. En 1536, une attaque portugaise inflige de telles pertes à Johor que le sultan Alauddin Riayat Shah I (règne : 1529-64?) doit traiter avec eux.
Dans le nord de Sumatra, Aceh parvient à capter une part importante de l'activité des marchands musulmans qui avaient fait la prospérité de Malacca et ne voulaient pas commercer avec les Portugais. Entre 1537 et 1570, Aceh attaque plusieurs fois aussi bien Malacca la portugaise et catholique que Johor la malaise et musulmane, sans succès décisif.
En 1584, après des guerres de successions qui se traduisent par la mort de tous les héritiers mâles du royaume de Patani, c'est la princesse Ijau qui monte sur le trône. Bien que Patani soit vassale du royaume siamois d'Ayutthaya, Ijau renforce les liens avec Johor et Pahang. Cette politique de relative indépendance vis-à-vis d'Ayutthaya est rendue possible par le fait que de 1564 jusque dans les années 1590, le royaume siamois doit faire face aux menaces des Birmans et des Khmers. Toutefois, à la fin du , Ayutthaya retrouve sa puissance sous le règne du roi Naresuan.
thumb|right|250px|Carte allemande du sud de Johor, de Singapour et des îles indonésiennes de Batam et Bintan en 1888
Ijau meurt en 1615. Sa sœur Biru lui succède. Elle marie sa sœur Ungu au sultan Abdul Ghafur Mohaidin Syah de Pahang. Ce mariage donnera une fille, Kuning. À la mort de Ghafur, Ungu rentrera à Patani avec sa fille.
Le sultan Iskandar Muda (1607-36) d'Aceh attaque Johor en 1612.