La préfecture de Karafuto, aussi appelée Sakhaline du Sud, est une ancienne division administrative japonaise qui exista sur l'île de Sakhaline de 1905 à 1945. À la suite du traité de Portsmouth qui mettait fin à la guerre russo-japonaise (1904-05), la partie de Sakhaline située sous le 50e parallèle nord devint une colonie japonaise. En 1907, la préfecture de Karafuto fut établie avec pour première capitale Ōtomari (大泊, aujourd'hui Korsakov) en 1905 puis Toyahara (aujourd'hui Ioujno-Sakhalinsk) en 1907. En 1945, à la suite de la défaite du Japon pendant la Seconde Guerre mondiale, l'administration japonaise de Karafuto cessa d'exister et, depuis 1951, la partie sud de Sakhaline est intégrée au territoire russe.
Les premiers établissements japonais dans l'île datent au plus tard de l'époque Edo (1603-1868). La ville d'Ōtomari fut fondée en 1679 et des cartographes du domaine de Matsumae réalisèrent une carte de l'île qu'ils nommèrent “Kita-Ezo”. L'explorateur et cartographe japonais Rinzō Mamiya prouva que Sakhaline était une île avec sa découverte du détroit de Mamiya (aujourd'hui appelé détroit de Tartarie) en 1809. Le Japon proclama unilatéralement sa souveraineté sur l'île entière en 1845, ignorant alors les revendications de l'empire russe.
En 1855, le traité de Shimoda reconnut que les deux pays (Russie et Japon) avaient chacun le droit d'occuper Sakhaline mais sans définir une ligne de démarcation précise. Cette ambiguïté amena des tensions entre les colons russes et japonais qui commencèrent à s'installer sur l'île dans les années 1860 (le peuplement initial étant constitué d'Ainous, d'Evenks, de Nivkhes, d'Oroches et d'Oroks, rapidement submergés). Le shogunat Tokugawa tenta alors d'acheter les droits russes sur l'île mais l'empire russe refusa et le nouveau gouvernement de Meiji fut incapable de négocier une partition de l'île en territoire distincts.
Au traité de Saint-Pétersbourg de 1875, le Japon accepta d'abandonner ses revendications sur Sakhaline en échange de la propriété incontestée des îles Kouriles.