Concept
Molecule editor
Concepts associés (9)
Comparison of software for molecular mechanics modeling
This is a list of computer programs that are predominantly used for molecular mechanics calculations.
Molecular design software
Molecular design software is notable software for molecular modeling, that provides special support for developing molecular models de novo. In contrast to the usual molecular modeling programs, such as for molecular dynamics and quantum chemistry, such software directly supports the aspects related to constructing molecular models, including: Molecular graphics interactive molecular drawing and conformational editing building polymeric molecules, crystals, and solvated systems partial charges development g
Jmol
Jmol est un logiciel libre de visualisation de structures chimiques en 3D. Il est principalement utilisé par les étudiants, les professeurs et les chercheurs en chimie et en biologie structurale. Il est développé en Java et est multi-plateformes. Ainsi, il fonctionne sous Windows, Mac OS X, Linux et les systèmes Unix. Le logiciel est disponible sous trois formes : Une application indépendante ; Un kit logiciel pour intégrer Jmol dans d'autres applications Java ; Une applet Java qui peut être intégrée au sein de page Web et qui offre de nombreuses possibilités de visualiser des molécules.
Modélisation moléculaire
thumb|Animation d'un modèle compact d'ADN en forme B|327x327px|alt=Modèle de l'ADN en forme B La modélisation moléculaire est un ensemble de techniques pour modéliser ou simuler le comportement de molécules. Elle est utilisée pour reconstruire la structure tridimensionnelle de molécules, en particulier en biologie structurale, à partir de données expérimentales comme la cristallographie aux rayons X. Elle permet aussi de simuler le comportement dynamique des molécules et leur mouvements internes.
Comparison of force-field implementations
This is a table of notable computer programs implementing molecular mechanics force fields.
Comparison of nucleic acid simulation software
This is a list of notable computer programs that are used for nucleic acids simulations.
Mécanique moléculaire
vignette|Physique à l'échelle moléculaire La mécanique moléculaire correspond à l'utilisation de la mécanique newtonienne pour modéliser la structure des systèmes moléculaires. L'approche de la mécanique moléculaire est souvent appliquée pour améliorer des structures moléculaires ou des simulations utilisant soit la dynamique moléculaire, soit la méthode de Monte-Carlo. Typiquement, la mécanique moléculaire considère l'ensemble des interactions entre une collection d'atomes sphériques reliés entre eux par des ressorts fictifs qui représentent les liaisons chimiques.
Dynamique moléculaire
La dynamique moléculaire est une technique de simulation numérique permettant de modéliser l'évolution d'un système de particules au cours du temps. Elle est particulièrement utilisée en sciences des matériaux et pour l'étude des molécules organiques, des protéines, de la matière molle et des macromolécules. En pratique, la dynamique moléculaire consiste à simuler le mouvement d'un ensemble de quelques dizaines à quelques milliers de particules dans un certain environnement (température, pression, champ électromagnétique, conditions aux limites.
Géométrie moléculaire
La géométrie moléculaire ou structure moléculaire désigne l'arrangement 3D des atomes dans une molécule. . La géométrie moléculaire peut être établie à l'aide de différents outils, dont la spectroscopie et la diffraction. Les spectroscopies infrarouge, rotationnelle et Raman peuvent donner des informations relativement à la géométrie d'une molécule grâce aux absorbances vibrationnelles et rotationnelles. Les diffractométries de rayons X, de neutrons et des électrons peuvent donner des informations à propos des solides cristallins.