thumb|Le dodo, ici illustré, est un exemple d'extinction (au ) souvent cité.
Le transformisme, appelé aussi transmutation des espèces, est une théorie biologique, rivale du fixisme, dont l'histoire remonte à l'époque de Jean-Baptiste de Lamarck (1744-1829). Ce dernier énonça sa fameuse théorie sur l'évolution des espèces qui désigne aujourd'hui toute théorie impliquant une variation (ou transformation) des espèces au cours de l'histoire géologique. La théorie de Lamarck, le lamarckisme, repose sur l'hérédité des caractères acquis et voit dans le vivant un système réagissant de lui-même aux influences du milieu et capable de mettre ses fonctions en accord avec celles-ci. Elle est supplantée à la fin du par le darwinisme, théorie transformiste qui ne fait pas une distinction claire entre la transmission des caractères acquis et celle des caractères héréditaires (hypothèse de la pangenèse de Darwin ou des gemmules, la transmission supposée des caractères adultes modifiés vers les cellules de la reproduction), mais repose sur le principe de la sélection naturelle. Le moteur de l'évolution biologique serait cette sélection naturelle qui expliquerait que la transformation des espèces n'est pas due au vivant réagissant de lui-même mais est un avantage reproductif procuré par la présence ou l'absence de caractères propices ou défavorables, face à un environnement qui peut se modifier mais sans expliquer l'évolution proprement dite, c'est-à-dire comment l'organisme a été modifié, ou comment la biologie du développement a été modifiée depuis la fécondation, les gènes n'étant pas encore connus.
Les théories transformistes avant le lamarckisme sont des théories naturalistes progressionnistes (accaparées par l'idée de progrès) et téléologiques (le monde change selon un dessein, une finalité, comme le rappelle le texte de Lamarck dans Philosophie zoologique », qui est, selon l'historien des sciences Jacques Roger, le premier à affirmer que « l'Homme descend du singe »), vitalistes et idéalistes ; le lamarckisme tente de s'affranchir de ces concepts philosophiques mais reste progressionniste et finaliste, tandis que la théorie transformiste de Darwin, l'évolutionnisme, écarte progressivement toute référence à ces concepts pour devenir une théorie antitéléologique, fortuitiste (rôle du hasard et de la contingence) et matérialiste.