Concept
Modèle ruban
Concepts associés (5)
RasMol
RasMol est un logiciel de graphisme moléculaire gratuit permettant de représenter des molécules en 3D à partir de différents formats standards de fichiers de représentation de molécules. Il fonctionne sur plateformes MacOS, Windows et Linux. Les types de fichier acceptés par RasMol sont entre autres les formats : PDB (Protein Data Bank) MDL (Molecular Design Limited) MSC (Minnesota Supercomputer Center) CIF Il utilise les possibilités des cartes graphiques 3D pour faire tourner en temps réel dans l'espace les molécules importées, puis éventuellement le nouvel ensemble de molécules ainsi assemblé.
Molecular graphics
Molecular graphics is the discipline and philosophy of studying molecules and their properties through graphical representation. IUPAC limits the definition to representations on a "graphical display device". Ever since Dalton's atoms and Kekulé's benzene, there has been a rich history of hand-drawn atoms and molecules, and these representations have had an important influence on modern molecular graphics. Colour molecular graphics are often used on chemistry journal covers artistically.
Protein Data Bank
La banque de données sur les protéines ou BDP du Research Collaboratory for Structural Bioinformatics, plus communément appelée Protein Data Bank ou PDB est une collection mondiale de données sur la structure tridimensionnelle (ou structure 3D) de macromolécules biologiques : protéines, essentiellement, et acides nucléiques. Ces structures sont essentiellement déterminées par cristallographie aux rayons X ou par spectroscopie RMN. Ces données expérimentales sont déposées dans la PDB par des biologistes et des biochimistes du monde entier et appartiennent au domaine public.
Cristallographie aux rayons X
La cristallographie aux rayons X, radiocristallographie ou diffractométrie de rayons X (DRX, on utilise aussi souvent l'abréviation anglaise XRD pour X-ray diffraction) est une technique d'analyse fondée sur la diffraction des rayons X par la matière, particulièrement quand celle-ci est cristalline. La diffraction des rayons X est une diffusion élastique, c'est-à-dire sans perte d'énergie des photons (longueurs d'onde inchangées), qui donne lieu à des interférences d'autant plus marquées que la matière est ordonnée.
Myoglobine
vignette|Molécule de myoglobine avec tous les atomes (). La myoglobine, couramment symbolisée par Mb, est une métalloprotéine contenant du fer présente dans les muscles des vertébrés, et particulièrement des mammifères. Elle est apparentée structurellement à l'hémoglobine, mais a pour fonction de stocker le dioxygène plutôt que de le transporter. Comme l'hémoglobine, elle utilise l'hème comme groupe prosthétique, et est donc une hémoprotéine ; contrairement à l'hémoglobine, en revanche, la myoglobine est une protéine monomérique, c'est-à-dire qu'elle n'est formée que d'une seule sous-unité globine.