Concept
Arbre phylogénétique
Concepts associés (34)
Séquence homologue
En biologie moléculaire, les séquences homologues sont deux ou plusieurs séquences nucléotidiques partageant une origine évolutive commune, c'est-à-dire présentant une homologie au sens de l'évolution moléculaire. Deux segments d'ADN distincts sont susceptibles d'avoir une origine commune à la suite d'une spéciation (orthologie), d'une duplication (paralogie) ou d'un transfert horizontal de gènes.
Horloge moléculaire
En génétique, l'hypothèse de l'horloge moléculaire est une hypothèse selon laquelle les mutations génétiques s'accumulent dans un génome à une vitesse constante. Elle permet ainsi théoriquement, en reliant le taux de mutation des gènes à la différence génétique entre espèces proches, d'établir une échelle chronologique approximative de la divergence de ces espèces. En 1962, Émile Zuckerkandl et Linus Pauling observent ce phénomène dans la partie du génome codant l'hémoglobine entre deux espèces données.
Théorie de la récapitulation
La récapitulation est une théorie en biologie de l’évolution du développement développée en 1866 par Ernst Haeckel, selon laquelle l’ontogénie d’un organisme passe par des stades représentant les espèces ancestrales de celui-ci. Haeckel a résumé cette loi biogénétique par la phrase « l’ontogenèse récapitule la phylogenèse ». C'est dans l'œuvre du naturaliste Carl Friedrich Kielmeyer que l'on trouve la première formulation de la théorie de la récapitulation, tout à la fin du et au début du siècle suivant.
Phénétique
En biologie, la phénétique est une discipline de la systématique qui consiste à étudier les relations de similarité ou de dissimilarité globale entre les êtres vivants. L'objectif peut être de produire une classification (voir taxonomie) ou bien d'identifier les processus responsables de certains patterns comme les relations phylogénétiques.
Computational phylogenetics
Computational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.
Phylogenetic comparative methods
Phylogenetic comparative methods (PCMs) use information on the historical relationships of lineages (phylogenies) to test evolutionary hypotheses. The comparative method has a long history in evolutionary biology; indeed, Charles Darwin used differences and similarities between species as a major source of evidence in The Origin of Species. However, the fact that closely related lineages share many traits and trait combinations as a result of the process of descent with modification means that lineages are not independent.
Homoplasie
L’homoplasie est la similitude d’un état de caractère chez différents taxons qui, contrairement à l’homologie, ne provient pas d’un ancêtre commun. Il existe différents types d’homoplasie : la convergence, le parallélisme et la réversion. la convergence : ressemblance apparue indépendamment chez des taxons distants phylogénétiquement. le parallélisme : ressemblance apparue chez des taxons relativement proches. la réversion : un état dérivé d’un caractère revient à un état ancestral (antérieur).
Symplésiomorphie
thumb|upright=2|Illustration de apomorphie, synapomorphie et symplésiomorphie. En systématique phylogénétique (cladistique), une symplésiomorphie (ou caractère symplésiomorphique) est un caractère ancestral (ou plésiomorphie) partagé par deux taxons ou plus ; à condition qu’il soit hérité d’un ancêtre commun, ce caractère représentant l’état ancestral. Ce terme est donc plus précis que celui de « similitude » des généticiens et d’« homologie partagée » des évolutionnistes – cette dernière portant sur un patron commun dont les deux caractères, ancestral et dérivé, ne constitueraient que deux formes distinctes.
Domaine (biologie)
En classifications biologiques, le domaine (néolatinisé en dominium) est le premier niveau de rang, au-dessus des règnes. Le terme domaine a été introduit pour discuter de la classification du monde vivant selon un modèle divisant celui-ci en trois grands groupes supposés monophylétiques. Bien que pratique, le modèle à trois domaines est critiquable puisqu'au moins l'un d'entre eux n'est pas monophylétique. Par ailleurs, certains taxonomistes lui préfèrent, au nom de l'antériorité, le terme vieilli d'empire.
Neighbour joining
En bio-informatique, le neighbour joining (ou neighbor joining, souvent abrégé NJ) est une méthode phénétique de reconstruction d'arbres phylogénétiques. La méthode NJ est fondée sur l'exploitation de matrices de distances génétiques ou morphologiques comme toutes les méthodes phénétiques, telle que la méthode UPGMA, mais contrairement à cette dernière la méthode NJ tient compte du biais des différences de vitesse d'évolution entre les différentes branches de l'arbre phylogénétique à reconstruire en essayant de conserver l'additivité des distances.