La philosophie de la biologie est la branche de la philosophie des sciences qui s'intéresse aux fondements et aux enjeux conceptuels, théoriques et méthodologiques, de la biologie (la tradition de recherche française tend à employer la formule « épistémologie des sciences du vivant »). Sa naissance est attribuée à Marjorie Grene. La philosophie de la biologie porte généralement sur des sous-domaines de la biologie : génétique, théorie de l'évolution, biologie du développement, écologie, immunologie, systématique, exobiologie, etc. Sa démarche consiste à interroger les concepts et les paradigmes scientifiques contemporains pour y mener une tâche de clarification conceptuelle qui peut déboucher sur la remise en cause de certains concepts biologiques (on peut songer par exemple aux concepts d'information génétique, de récapitulation de la phylogenèse par l'ontogenèse). Les philosophes de la biologie peuvent aussi travailler à construire des ponts ou à mettre en lumière les tensions qui existent entre différentes spécialités de la biologie (entre la biologie du développement et la biologie évolutionniste par exemple). Ces philosophes entendent travailler main dans la main avec les scientifiques, et s'efforcent d'être parfaitement informés des développements récents de la biologie auxquels ils entendent contribuer. Le vivant se caractérise par sa sensibilité et son activité autonome. Celles-ci proviennent de la dynamique interne propre au métabolisme: l'être vivant est un corps qui forme lui-même sa propre substance à partir de celle qu’il puise dans le milieu. De ce phénomène d'assimilation, découlent tous les autres phénomènes propres au vivant: la régénération et le renouvellement de leurs tissus, la reproduction et le développement de l’organisme et enfin évoluent au cours du temps par acquisition d’organes diversifiés et de facultés plus éminentes. Les êtres vivants maintiennent, préservent et même enrichissent leur organisation. À l'échelle des espèces, le vivant ne cesse de se complexifier depuis 3,5 milliards d'années.

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