vignette|Pagode bouddhiste Bhaisajyaguru-dō (薬師堂) au sanctuaire Tsurugaoka Hachiman-gū à Kamakura avant le shinbutsu bunri.
Le terme indique en japonais l'interdiction légale du mélange des kamis et des bouddhas instituée durant la restauration Meiji. Il renvoie également aux efforts déployés par le gouvernement japonais pour créer une division claire entre les croyances autochtones shinto et le bouddhisme d'un côté, et entre les temples bouddhistes et les sanctuaires shinto de l'autre. Jusqu'à la fin de l'époque Edo, les croyances locales kamis et le bouddhisme sont très intimement liés dans ce qui s'appelle le shinbutsu shūgō, au point que les mêmes bâtiments sont utilisés à la fois comme sanctuaires shintoïstes et comme temples bouddhistes.
La tendance à s'opposer au bouddhisme se remarque déjà au cours du début de l'ère moderne comme une réaction nationaliste à sa propagation, mais le terme renvoie généralement au mouvement anti-bouddhiste qui, à partir du milieu de l'époque d'Edo, accompagne le confucianisme, l'étude de l'ancienne culture et littérature japonaise (kokugaku) et le nationalisme shinto, tous mouvements qui ont des raisons de s'opposer au bouddhisme. Dans un sens plus étroit, le shinbutsu bunri est la politique de séparation entre le shintoïsme et le bouddhisme poursuivie par le nouveau gouvernement de Meiji avec l'. Ce dernier événement est d'une importance historique particulière, en partie parce qu'il déclenche le haibutsu kishaku, violent mouvement anti-bouddhiste qui entraîne, dans les dernières années du shogunat Tokugawa et durant la restauration de Meiji, la fermeture forcée de milliers de temples, la confiscation de leurs terres, le retour forcé des moines à la vie laïque et la destruction de livres, de statues et d'autres biens bouddhistes. Même les cloches de bronze bouddhistes sont fondues pour faire des canons.