Les protistes, sont des microorganismes eucaryotes à organisation cellulaire dite simple, unicellulaire le plus souvent, multicellulaire parfois mais sans tissus spécialisés. Ce sont des Eucaryotes autres qu'un animal (Animalia), un champignon (Fungi) ou une plante (Plantae). Ce groupe est très hétérogène, tant du point de vue anatomique que physiologique. Certains protistes sont des organismes autotrophes (on parlait de protophytes), d'autres sont hétérotrophes (appelés protozoaires) et d'autres encore sont mixotrophes comme certains dinoflagellés. Le terme « protiste » a été forgé par Ernst Haeckel en 1866, à partir du grec protestos, superlatif de protos, « premier », le biologiste plaçant dans ce taxon les organismes qu'il considérait comme les premiers êtres vivants sur Terre. Les Protista constituaient, en classification classique, le quatrième règne du domaine des Eucaryotes, mais ce regroupement est paraphylétique. En effet les trois grands règnes eucaryotes que sont les Plantes, les Fungi et les Animaux ont nécessairement évolué à partir d'Eucaryotes primitifs plus simples, donc de protistes. Les protistes regroupent de ce fait l'ensemble des lignées basales d'Eucaryotes excluant les trois grands règnes. Cette paraphylie fait que le taxon Protista n'est pas valide, mais cette notion reste utile pour parler des Eucaryotes unicellulaires. Certains biologistes présentent les protistes comme des constituants de « la matière noire de la vie ». Ces organismes représenteraient au moins 75 % de la diversité des Eucaryotes. Cette grande diversité en fait pour certains . Constituant les bases du réseau trophique marin, ils jouent un rôle majeur dans les cycles biogéochimiques. Les protistes constituent une part importante de la biodiversité et peut-être plus encore de la biodiversité fonctionnelle : sur environ espèces estimées existantes, les 2/3 pourraient être assez largement distribuées, dans les océans notamment, et environ pourraient avoir une distribution plus restreinte, c.-à-d.

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