En génétique humaine, l'haplogroupe R1a est un haplogroupe du chromosome Y.
L'haplogroupe R1a est un sous-groupe de l'haplogroupe R. On le trouve actuellement le plus en Asie centrale et occidentale, en Inde et dans les populations slaves d'Europe de l'Est. Son origine serait l'Eurasie il y a au moins 20 000 ans.
La division de R1a (M420) daterait d'il y a environ entre 22 000 et 25 000 ans, soit le moment du dernier maximum glaciaire. Une vaste étude menée en 2014 par Peter A. Underhill utilisant personnes provenant de plus de 126 populations de toute l'Eurasie, a conclu qu'il existait des preuves convaincantes que les premiers épisodes de diversification de l'haplogroupe R1a se sont produits aux alentours de l'Iran actuel. Néanmoins, les plus anciens spécimens d'ADN étudiés ont montré le plus ancien exemple de R1a au cours du mésolithique parmi les chasseurs-cueilleurs de l'Est, et le premier cas de R* parmi les Eurasiens du nord du Paléolithique supérieur, dont les chasseurs-cueilleurs de l'Est tirent principalement leur ascendance. Aucun exemple de ces premiers échantillons de R1a n'a jusqu'à présent été trouvé en Iran.
Selon Anatole Klyosov et Igor Rozhanskii (2012), à un moment donné, apparemment entre 20 000 et 15 000 ans, les détenteurs de R1a ont commencé une migration vers l'ouest, à travers le Tibet et au-dessus de l'Himalaya. Ils sont arrivés en Hindoustan au plus tard 12 000 AP. Ils ont apparemment continué leur chemin sur le plateau iranien, le long de l'Anatolie orientale et dans le reste de l'Asie mineure entre 10 000 et 9 000 ans. À environ 9 000 ans, ils arrivèrent dans les Balkans et se répandirent vers l'ouest en Europe et dans les îles Britanniques. Lorsque les détenteurs de l'haplogroupe R1b1a2 ont commencé à peupler l'Europe après 4800 AP (les populations de la culture campaniforme et autres vagues migratoires R1b1), l'haplogroupe R1a s'est déplacé de l'Europe centrale vers la plaine russe autour de 4800 - 4600 AP (Klyosov, 2011). De là, R1a a migré vers le sud, l'est et le sud-est en tant qu'« Aryens historiques » (Klyosov et Rozhanskii, 2012).