Géomicrobiologie

vignette|Le coccolithophoridé Gephyrocapsa oceanica pourrait constituer à long terme un important puits de carbone, réservoir naturel qui, en séquestrant le dioxyde de carbone atmosphérique, contribuerait à diminuer le réchauffement climatique alors que ce dernier a pour effet d'augmenter l'acidification des océans, facteur qui serait favorable à la biominéralisation des plaques calcaires de ces microalgues du phytoplancton pélagique. La géomicrobiologie est une discipline scientifique pluridisciplinaire qui étudie les divers aspects des interactions entre les microbes et les minéraux. Constituant une des applications de la microbiologie aux milieux naturels, cette sous-discipline de la géobiologie fait appel à de nombreuses disciplines scientifiques qui fournissent des connaissances de base et des éléments de réflexion sur les micro-organismes et le fonctionnement des écosystèmes naturels à l'interface entre lithosphère, biosphère, hydrosphère et atmosphère. Les micro-organismes, invisibles à l'œil nu et ignorés du grand public ou considérés comme des agents pathogènes, existent partout où il y a de l'eau à l'état liquide, et la plupart, sinon toutes les interactions roches-eaux dépendent au moins en partie de l'activité microbienne. Traditionnellement, ils ont été étudiés par observation au microscope et par isolement et mise en culture au laboratoire, mais ces techniques classiques de culture n'ont permis de caractériser qu'une infime collection d'espèces cultivables et la microbiologie environnementale a longtemps été délaissée en raison de la complexité de ces communautés microbiennes. Un des pionniers dans ce domaine est le naturaliste allemand Ehrenberg qui observe en 1838 que des microbes (qu'il identifie comme des infusoires mais qui sont en réalité des ferrobactéries chimiolithotrophes de l'espèce Gallionella ferruginea) jouent un rôle important dans certaines eaux douces (tourbières, marécages) où ils peuvent oxyder des carbonates ferreux dissous et provoquer la précipitation de l'oxyde de fer à l'origine de nombreux petits dépôts de minerai de fer des marais qui donne une vase de teinte variable.

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