EukaryotaLes eucaryotes (Eukaryota) sont un domaine regroupant tous les organismes, unicellulaires ou multicellulaires, qui se caractérisent par la présence d'un noyau et généralement d'organites spécialisés dans la respiration, en particulier mitochondries chez les aérobies mais aussi hydrogénosomes chez certains anaérobies. On le distingue classiquement des deux autres domaines que sont les bactéries et les archées (mais le clade des eucaryotes s'embranche en fait parmi ces Archées).
RhizariaLes Rhizaires aussi appelés Rhizariens (ou Rhizaria) sont un groupe d'organismes eucaryotes, le plus souvent unicellulaires. Ils peuvent vivre dans des eaux oligotrophes en s'associant symbiotiquement à des algues. Leur biomasse a longtemps été très sous-estimée, car ils sont si fragiles que le filet à plancton les détruit. Une méthodes d'échantillonnage non destructive (par caméra immergée) a permis en 2016 de réévaluer l'importance du super-groupe des Rhizaria : ces protistes représentent 33 % de l'abondance totale du plancton animal de grande taille à l'échelle de l'océan mondial et contribuent à 5 % de la biomasse marine globale.
ProtistaLes protistes, sont des microorganismes eucaryotes à organisation cellulaire dite simple, unicellulaire le plus souvent, multicellulaire parfois mais sans tissus spécialisés. Ce sont des Eucaryotes autres qu'un animal (Animalia), un champignon (Fungi) ou une plante (Plantae). Ce groupe est très hétérogène, tant du point de vue anatomique que physiologique. Certains protistes sont des organismes autotrophes (on parlait de protophytes), d'autres sont hétérotrophes (appelés protozoaires) et d'autres encore sont mixotrophes comme certains dinoflagellés.
AmibeUne amibe est un micro-organisme appartenant à divers groupes de cellules complexes eucaryotes. Dans l'usage du terme, amibe désigne en fait des organismes membres de nombreux groupes de protistes de différents taxons eucaryotes : Amoebozoa, Acanthamoeba, Rhizaria, Heterokonta, Excavata et Opisthokonta : il ne s'agit donc pas d'un groupe monophylétique mais polyphylétique. L'ancêtre commun à toutes les amibes est peut-être également l'ancêtre commun de tous les eucaryotes.
CercozoaLes Cercozoa sont un groupe de rhizaires comprenant la plupart des amiboïdes ou flagellés qui se nourrissent par des pseudopodes fileux (filopode). thumb|upright=1.3|Enveloppe rigide d'une Euglypha sp. La plupart sont hétérotrophes mais ne disposent pas de vrai cytostome (bouche). Ils vivent dans les sols — où ils sont les plus nombreux des Eukaryotes — en mer ou en eau douce. Certains sont devenus photosynthétiques en assimilant une algue verte.
ProtozoaireEn biologie, le terme protozoaire (Protozoa), du grec (« premier ») et (« animal »), désigne les protistes (eucaryotes généralement unicellulaires et sans tissus spécialisés) hétérotrophes mobiles qui ingèrent leur nourriture par phagocytose, contrairement à d'autres protistes. Les protozoaires sont de petits organismes, approchant le millimètre pour les plus gros, qui existent sous forme de cellules solitaires ou de colonies de cellules. Ils ne développent pas les structures tridimensionnelles différenciées caractéristiques de la multicellularité complexe.
RadiolariaLes radiolaires, également appelés radiozoaires, sont des protozoaires d'un diamètre de 0,1 à 0,2 mm qui produisent des squelettes minéraux complexes, généralement avec une capsule centrale divisant la cellule en deux parties, l'endoplasme et l'ectoplasme, l'une interne et l'autre externe. Le squelette minéral est généralement constitué de silice. On les trouve sous forme de zooplancton dans tous les océans du monde.
Pseudopodethumb|Un Chaos. Les pseudopodes (du grec pseudês, qui signifie « faux », et podos, « pied ») sont des déformations de la membrane plasmique qui permettent à une cellule de se nourrir et se déplacer en rampant sur un support dans une direction déterminée. C'est un prolongement cellulaire rétractile qui permet à la cellule de ramper sur une surface plane On observe la production de pseudopodes uniquement chez les cellules eucaryotes, plus précisément chez les cellules animales ou chez les protistes (par exemple : les amibes).
VampyrellidaThe vampyrellids (order Vampyrellida, class Vampyrellidea), colloquially known as vampire amoebae, are a group of free-living predatory amoebae classified as part of the lineage Endomyxa. They are distinguished from other groups of amoebae by their irregular cell shape with propensity to fuse and split like plasmodial organisms, and their life cycle with a digestive cyst stage that digests the gathered food. They appear worldwide in marine, brackish, freshwater and soil habitats.
FlagellésLes flagellés ou Flagellata (du latin flagellum = fouet) sont des organismes eucaryotes unicellulaires, qui sont dotés de flagelles dont ils se servent pour leur propulsion. Certains flagellés sont hétérotrophes, c'est-à-dire qu'ils se nourrissent de substances organiques, d'autres sont autotrophes et pratiquent la photosynthèse. D'autres encore sont mixotrophes : tantôt hétérotrophes, tantôt autotrophes. Vu leur déplacement actif, on classait jadis les flagellés hétérotrophes parmi les animaux.
