Le doute est un état de l'esprit qui est incertain, interrogatif et peut être le pressentiment, l’impression d’une réalité différente de celle qui est communément admise par consensus moral. Il s’oppose à la certitude, notion de ce qui est sûr et qui n’est pas discutable.
L'agnotologie étudie la fabrique du doute.
doute cartésien
Le doute scientifique fit son apparition avec ce qu'on appelle les « philosophes », il convient de mettre des guillemets. Au , le terme de philosophe recouvre ce qu'aujourd'hui on nommerait savant, scientifique, mathématicien ou physicien. La rupture provient du développement de l'observation et des appareils de mesure (de temps, d'angle, de distance, de poids...), par des précurseurs tels que Copernic (religieux), Tycho Brahe, Kepler, Giordano Bruno (religieux), Galilée (religieux également), dont les observations, notamment astronomiques, scrupuleusement notées et mesurées, entraient en contradiction avec les enseignements de l’Église romaine.
Le doute scientifique émergera peu à peu de cette attitude de mise en doute : les vérités de l'église, par définition, sont des vérités révélées, donc admises. Or, au , il fallut tout un travail de grands esprits issus de l'humanisme pour faire sortir du corpus religieux certaines vérités qui n'avaient pas de rapport ontologique à la religion. Au centre de multiples débats, les querelles tournant autour de l'astronomie et de la question de savoir si la Terre ou le Soleil était au centre de l'univers sont les plus connues et médiatisées.
La science naît donc de cette confrontation entre observations par des hommes de science, publication de ces mesures (comme les tablettes périodiques des planètes), et, au départ, des vérités que l'église avaient intégrées dans son enseignement depuis presque mille ans, mais qui, de procès en procès, puis en querelles, disputes, polémiques, vont amener à séparer ce qui relève du religieux et ce que les hommes de l'époque nommaient la philosophie naturelle et que nous nommons sciences.