thumb|300px|Seuil sous le pont Notre-Dame à Mende.
En hydraulique, un seuil désigne la courte section du fond du lit d'un cours d'eau qui est fixée, ce qui conduit très souvent à y modifier fortement la hauteur d'eau. Un seuil existe soit pour des raisons géomorphologiques naturelles (présence de faille, déclivité naturelle, zone de roches plus dures, reliques glaciaires, barrage de castor, goulot provoquant une accumulation naturelle d'embâcles, etc.), soit à la suite d'une construction humaine (pertuis ou autre petit barrage, muret, gué artificiel).
Le mot seuil fait référence à la pièce de bois ou de pierre qui est au bas des portes. Ce n'est qu'en 1932 que le Dictionnaire de l'Académie française () ajoute à sa définition que le seuil peut aussi désigner un « seuil d'écluse, pièce de bois placée au fond de l'eau sous la porte d'une écluse ». Aujourd'hui toute crête déversante ou d'évacuation de crue d'un petit barrage ou d'un ouvrage hydraulique est aussi appelée seuil.
D'une manière générale, on désigne comme seuil tout ouvrage fixe ou mobile (ou fixe et équipé d'une partie mobile) construit dans le lit mineur d'un cours d'eau et qui le barre en partie ou en totalité, ayant moins de de haut. Au moins seuils sont recensés en France, certains estimant qu’il y en aurait peut être . Des « seuils en série », parfois anciens, peuvent former des systèmes d'« ouvrages en dérivation ». Dans ce cas, modifier ou détruire un seul des seuils modifie le fonctionnement hydraulique de l'ensemble du système. Certains seuils naturels sont aussi des « gués » qui permettent à certains animaux de traverser de larges fleuves.
Les barrages sont des ouvrages généralement plus hauts que les seuils et qui barrent aussi tout ou partie du lit majeur voire une partie de la vallée.
En géomorphologie, les seuils s'opposent aux mouilles. Le courant y est souvent accéléré et le chenal plus étroit car les seuils naturels, quand ils ne sont pas dus à des barrages de castors, ou à des embâcles nés d'accumulation de végétaux contre des troncs couchés ou coincés en travers de la rivière, sont souvent dus au passage du cours d'eau dans une zone de roche plus dure, et donc moins entamée.