Une théorie (du grec theoria, « contempler, observer, examiner ») est un ensemble cohérent, si elle prétend à la scientificité, d'explications, de notions ou d'idées sur un sujet précis, pouvant inclure des lois et des hypothèses, induites par l'accumulation de faits provenant de l'observation, l'expérimentation ou, dans le cas des mathématiques, déduites d'une base axiomatique donnée : théorie des matrices, des torseurs, des probabilités. Elle ne doit pas être confondue avec un principe philosophique contrairement aux principes observés et provisoirement admis suggérés par l'expérience, ni avec une hypothèse. Le terme de théoricien, qui désigne un scientifique, s'oppose à celui de technicien, qui désigne celui qui met en pratique une science particulière.
La philosophie des sciences précise qu'une théorie scientifique doit respecter plusieurs critères, comme la correspondance entre les principes théoriques et les phénomènes observés. Une théorie doit également permettre de réaliser des prédictions sur ce qui va être observé. Enfin, la théorie doit résister à l'expérience et être compatible avec les nouveaux faits qui peuvent s'ajouter au cours du temps, ou rester valide dans de nouveaux domaines non encore explorés lors de sa première élaboration. Si ce n'est pas le cas, la théorie doit être corrigée, voire invalidée en dehors de son premier domaine.
Ainsi, c'est dans la durée que se juge la force d'une théorie car elle doit pouvoir rester compatible avec les nouveaux faits, résister aux expérimentations qui voudraient en démontrer l’invalidité, et assurer la justesse de ses prédictions.
Dans le langage courant, le terme « théorie » est souvent utilisé par anglicisme pour désigner un ensemble de spéculations sans véritable fondement, à l'inverse du sens admis par les scientifiques. Le mot hypothèse est alors plus approprié. Le principe, quant à lui, est une observation qui peut être expliquée ou non selon l'époque considérée (principe de Fermat), mais dans tous les cas dont on ne possède pas — ou, pour ne négliger aucune piste, pas encore — de contre-exemple (deuxième principe de la thermodynamique).