La vacuole est un organite présent dans la cellule végétale, les pollens, les cellules fongiques et plus généralement toutes les cellules des différentes lignées d’eucaryotes photosynthétiques et dans certaines cellules animales. Les vacuoles sont des compartiments délimités par une membrane (tonoplaste), remplis d'eau et contenant diverses molécules inorganiques et organiques telles que des enzymes. La vacuole n'a pas de forme ou de taille particulière, sa structure variant en fonction des besoins de la cellule. La vacuole se différencie de la vésicule par sa taille et sa fonction, malgré des similitudes au niveau des fonctions. La fonction et l'importance des vacuoles varient selon le type de cellule dans lesquelles elles sont présentes. En général, ces fonctions sont liées à des mécanismes de défense (détoxication, protection) qui comprennent : l'isolement de composant potentiellement nocif pour la cellule ; la gestion des déchets à l'aide d'enzyme de digestion ou l'endocytose des organites vieillis ; le maintien de l'équilibre hydrique ; le stockage de l'eau et de molécules telles que certains pigments, molécules de défense, stockage transitoire des glucides, protéines et lipides ; rôle dans la pression et la turgescence cellulaire permettant la rigidité de certaines structures telles que les fleurs, les tiges ou les feuilles. Les ancêtres des différentes lignées d’eucaryotes photosynthétiques se nourrissaient probablement par phagocytose, processus cellulaire qui leur a permis, par le phénomène d'endosymbiose, d'internaliser une cellule photosynthétique et d'en faire un plaste. Ils n'avaient pas de paroi cellulaire qui aurait entravé la phagocytose. Une fois le plaste acquis, cet organite nourrit la cellule et rend la phagocytose inutile. La paroi peut alors être sélectionnée, car elle protège la cellule contre les stress biotiques et abiotiques. L'acquisition de cette paroi a pour conséquence que la cellule ne peut plus expulser ses déchets.

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