L'année 1899 est une année commune qui commence un dimanche.
18 mai : ouverture de la première Conférence de la paix à La Haye, proposée par le tsar pour le règlement pacifique des différends entre les puissances. Les vingt-six États représentés se sépareront sans grands résultats, si ce n’est la création d’une Cour internationale d’arbitrage sous la pression de la Russie et de la Grande-Bretagne (fin le 29 juillet).
le lieutenant-colonel Klobb atteint Gao et y édifie un fort, ainsi qu'à Ansongo, ville située en aval sur le Niger.
13 janvier : début des exactions de la mission Voulet-Chanoine, qui incendie le village de Sanssané-Haoussa.
16 janvier : le gouverneur du Kamerun Jesko von Puttkamer attribue une concession de 9 millions d’hectares dans le bassin de la Sangha à la compagnie du Sud-Cameroun (Gesellschaft Süd-Kamerun), une société germano-belge.
12 mars : la voie ferrée atteint Toukoto, à mi-chemin entre Kayes et Bamako.
23 mars, Somalie : le vice-consul du Somaliland britannique écrit une lettre insultante à Sayyid Mohammed (Mohammed Abdullah Hassan), lui demandant de déposer les armes. En août, Sayyid Mohammed, « le Mollah fou », se proclame Mahdi à Burao et déclare la guerre sainte contre les infidèles. Pendant , il tient en échec les armées éthiopiennes, italiennes et britannique et mène une guerre sanglante et sans merci. La rébellion ne pourra être réduite qu’après sa mort à Imi de la grippe espagnole, le .
4 avril : le roi du Bounyoro Kabarega et le roi du Bouganda Mwanga II sont capturés et exilés aux Seychelles par les Britanniques.
16 avril : la mission Voulet-Chanoine attaque Lougou, le village de la reine Sarraounia, de la tribu des Azna, près de Dogondoutchi au Niger, qui résiste.
9 mai : la mission Voulet-Chanoine prend la ville de Birni N’Konni en pays Haoussa, une partie de la population est massacrée.
15 juin : l’État indépendant du Congo cède à bail le Ruanda à l’Allemagne. Musinga, souverain du Ruanda, accepte le protectorat allemand pour en finir avec son opposition interne.