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Concept
Basic Local Alignment Search Tool
Résumé
BLAST (acronyme de basic local alignment search tool) est une méthode de recherche heuristique utilisée en bioinformatique. Il permet de trouver les régions similaires entre deux ou plusieurs séquences de nucléotides ou d'acides aminés, et de réaliser un alignement de ces régions homologues.
Étant donné une séquence introduite par l'utilisateur, BLAST permet de retrouver rapidement dans des bases de données, les séquences répertoriées ayant des zones de similitude avec la séquence d'entrée.
Cette méthode est utilisée pour trouver des relations fonctionnelles ou évolutives entre les séquences et peut aider à identifier les membres d'une même famille de gènes.
Ce programme a été développé par Stephen Altschul, Warren Gish et David Lipman au National Center for Biotechnology Information (NCBI). La publication originale parue en octobre 1990, , a été citée plus de , ce qui en fait l'une des plus citées dans le monde scientifique.
BLAST recherche dans une base de données de séquence des segments qui sont localement homologues à une séquence-test fournie par l'utilisateur (query sequence). BLAST utilise une matrice de similarité pour calculer des scores d'alignement. Il fournit un score pour chaque alignement trouvé et utilise ce score pour donner une évaluation statistique de la pertinence de cet alignement (probabilité qu'il soit dû au hasard).
Le principe de fonctionnement de BLAST, peut se décomposer en trois étapes :
la décomposition de la séquence-test en segments de longueur k (k-uplets) chevauchants et la recherche pour chacun d'eux de tous les k-uplets possibles ayant un score d'homologie supérieur à un seuil donné. BLAST constitue ainsi un dictionnaire de tous les k-uplets donnant une homologie locale minimum ;
le balayage de la banque avec le dictionnaire ainsi constitué. Chaque fois que BLAST identifie une coïncidence dans la banque, il tente d'étendre l'homologie en amont et en aval du k-uplet initialement trouvé ;
après extension de l'homologie, il évalue à partir du score obtenu la probabilité que celle-ci soit due au hasard (ou plus exactement, son espérance mathématique).
Source officielle
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