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Bio-informatique

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Pathogenomics

Pathogenomics is a field which uses high-throughput screening technology and bioinformatics to study encoded microbe resistance, as well as virulence factors (VFs), which enable a microorganism to infect a host and possibly cause disease. This includes studying genomes of pathogens which cannot be cultured outside of a host. In the past, researchers and medical professionals found it difficult to study and understand pathogenic traits of infectious organisms.

Informatics

Informatics is the study of computational systems. According to the ACM Europe Council and Informatics Europe, informatics is synonymous with computer science and computing as a profession, in which the central notion is transformation of information. In other countries, the term "informatics" is used with a different meaning in the context of library science, in which case it is synonymous with data storage and retrieval.

Cellular model

A cellular model is a mathematical model of aspects of a biological cell, for the purposes of in silico research. Developing such models has been a task of systems biology and mathematical biology. It involves developing efficient algorithms, data structures, visualization and communication tools to orchestrate the integration of large quantities of biological data with the goal of computer modeling. It involves the use of computer simulations of cellular subsystems, such as the networks of metabolites and enzymes which comprise metabolism, signal transduction pathways and gene regulatory networks.

Orange (logiciel)

Orange is an open-source data visualization, machine learning and data mining toolkit. It features a visual programming front-end for explorative qualitative data analysis and interactive data visualization. Orange is a component-based visual programming software package for data visualization, machine learning, data mining, and data analysis. Orange components are called widgets. They range from simple data visualization, subset selection, and preprocessing to empirical evaluation of learning algorithms and predictive modeling.

Bioinformatics workflow management system

A bioinformatics workflow management system is a specialized form of workflow management system designed specifically to compose and execute a series of computational or data manipulation steps, or a workflow, that relate to bioinformatics. There are currently many different workflow systems. Some have been developed more generally as scientific workflow systems for use by scientists from many different disciplines like astronomy and earth science.

Information engineering (field)

_Information engineering Information engineering is the engineering discipline that deals with the generation, distribution, analysis, and use of information, data, and knowledge in systems. The field first became identifiable in the early 21st century. The components of information engineering include more theoretical fields such as machine learning, artificial intelligence, control theory, signal processing, and information theory, and more applied fields such as computer vision, natural language processing, bioinformatics, , cheminformatics, autonomous robotics, mobile robotics, and telecommunications.

Carte autoadaptative

Les cartes autoadaptatives, cartes auto-organisatrices ou cartes topologiques forment une classe de réseau de neurones artificiels fondée sur des méthodes d'apprentissage non supervisées. Elles sont souvent désignées par le terme anglais self organizing maps (SOM), ou encore cartes de Kohonen du nom du statisticien ayant développé le concept en 1984. La littérature utilise aussi les dénominations : « réseau de Kohonen », « réseau autoadaptatif » ou « réseau autoorganisé ».

Hybridation génomique comparative

L'hybridation génomique comparative (en anglais, Comparative Genomic Hybridization ou CGH) est une technique de cytogénétique moléculaire permettant d'analyser les variations du nombre de copies dans l'ADN. Dans un organisme diploïde tel que l'humain, chaque segment d'ADN peut être trouvé en duplicat : une copie est présente sur chacun des deux chromosomes d'une paire. Dans certaines pathologies, le nombre de copies peut varier : il peut augmenter par exemple en cas de duplication et diminuer dans le cas de délétion.

Marqueur de séquence exprimée

Un marqueur de séquence exprimée, ou expressed sequence tag (EST), est une courte portion séquencée d'un ADN complémentaire (ADNc), utilisée comme marqueur pour différencier les gènes entre eux dans une séquence ADN et identifier les gènes homologues dans d'autres espèces. Parce qu'il est généralement assez facile de récupérer des brins d'ARNm des cellules, les biologistes récupèrent ces séquences et les convertissent en ADNc, qui est bien plus stable.

FASTA (programme informatique)

FASTA est à l'origine un programme d'alignement de séquences d'ADN et de protéine développé par William R. Pearson en 1988. Au fil de son développement, il est devenu une suite de programmes, étendant ainsi ses possibilités en termes d'alignement. FASTA est le descendant du programme FASTP publié par David J. Lipman et William R. Pearson en 1985. Un des héritages de ce programme est le format de fichier FASTA qui est devenu un format standard en bioinformatique.