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Concept
Hybridation génomique comparative
Résumé
L'hybridation génomique comparative (en anglais, Comparative Genomic Hybridization ou CGH) est une technique de cytogénétique moléculaire permettant d'analyser les variations du nombre de copies dans l'ADN.
Dans un organisme diploïde tel que l'humain, chaque segment d'ADN peut être trouvé en duplicat : une copie est présente sur chacun des deux chromosomes d'une paire. Dans certaines pathologies, le nombre de copies peut varier : il peut augmenter par exemple en cas de duplication et diminuer dans le cas de délétion. L'hybridation génomique comparative permet de diagnostiquer ces pathologies et d'identifier les régions chromosomiques impliquées.
Marquage des sondes
L'ADN d'un patient est extrait de tissu normal (souvent des lymphocytes) et de tissu potentiellement tumoral puis marqué par des fluorochromes. En général, l'ADN tumoral est marqué en vert par la fluorescéine (sous forme de dUTP-FITC) et l'ADN de tissu sain en rouge par la rhodamine (sous forme de dUTP-TR).
Les sondes sont mélangées ensuite avec de l'ADN Cot-1, qui permet de supprimer les séquences répétitives d'ADN, et une polymérase, qui permet de produire des fragments de 0,6 à 3 kb (milliers de paires de bases).
Hybridation
Le mélange d'ADN marqué est mélangé avec de l'ADN de contrôle en métaphase. L'ADN marqué va alors s'hybrider de façon compétitive avec l'ADN métaphasique :
si le nombre de copies est augmenté, la sonde tumorale s'hybridera préférentiellement et le segment de chromosome apparaitra en vert.
si le nombre de copies est diminué, la sonde de tissu sain s'hybridera préférentiellement et le segment de chromosome apparaitra en rouge.
si le nombre de copies n'est pas modifié, les deux sondes s'hybrideront en quantité équivalente et le segment de chromosome apparaitra en orangé.
Détection
La fluorescence est ensuite détectée par un microscope à épifluorescence et quantifié par .
Cette technique est capable de détecter des pertes ou des gains du nombre de copie d'ADN au niveau des chromosomes.
Source officielle
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Virtual karyotype is the digital information reflecting a karyotype, resulting from the analysis of short sequences of DNA from specific loci all over the genome, which are isolated and enumerated. It detects genomic copy number variations at a higher resolution for level than conventional karyotyping or chromosome-based comparative genomic hybridization (CGH). The main methods used for creating virtual karyotypes are array-comparative genomic hybridization and SNP arrays.