La Lys (prononcer ; Leie en néerlandais) est une rivière du Nord de la France et de Belgique, affluent en rive gauche de l'Escaut qu'elle rejoint à Gand. L'essentiel de son cours est aujourd'hui canalisé. La rivière donne son nom aux durs combats qui opposèrent, du au , les armées belge et allemande : la bataille de la Lys.
La Lys est mentionnée pour la première fois dans un document de 694 où on signale que le lieu-dit de Sloten se trouve super fluvio Legia, c’est-à-dire « au bord de la Lys ». La racine hydronymique leg- / lig- est vraisemblablement d’étymologie celtique.
Elle prend sa source à Lisbourg près de Fruges, en France, à l'altitude de . Dans la nuit du , à cause d'éboulements souterrains, la Lys abandonne sa source historique pour jaillir sous une route communale en formant un geyser de quelques dizaines de centimètres de haut. Cette nouvelle source a été aménagée par la communauté de communes et l’association Lys sans frontières.
La première ville qu'elle traverse est Aire-sur-la-Lys. Dans le département du Pas-de-Calais, elle draine une vaste plaine d'effondrement tectonique : la Plaine de la Lys, large et remarquablement plane, qui constitue un des "pays" de la Flandre française.
Elle se jette dans l'Escaut à Gand à d'altitude, après un parcours de , dont 85 en France et 24,6 en frontière avec la Belgique d'Armentières à Menin.
La Vieille Lys aval est codifiée par le SANDRE sous le .
La Lys est un cours d'eau à faible pente, qui après la dernière glaciation s'étalait sans doute sur une grande largeur (comme en témoigne l'étendue du lit majeur et de la plaine alluviale), avec de nombreux méandres irriguant de vastes zones humides.
Ces milieux ont été habités dès la préhistoire et cultivés et urbanisés dès le haut Moyen Âge.
La vallée de la Lys est encore un corridor biologique d'importance paneuropéenne, et d'importance majeure pour la trame bleue régionale pour les migrations d'oiseaux et d'organismes aquatiques notamment.
La qualité de l'eau, des berges et des sédiments s'est fortement dégradée dans les années 1970 à 1990.