La recharge des aquifères ou infiltration résulte naturellement d'un processus hydrologique par lequel les eaux de surface percolent à travers le sol et s'accumulent sur le premier horizon imperméable rencontré (banc d'argile ou de marne) ; elle peut aussi être assurée artificiellement par des puits filtrants. Ce processus s'amorce généralement à partir de la zone vadose, sous la pédosphère où les racines des végétaux captent encore l'essentiel de l'eau interstitielle. La réalimentation est caractérisée par le débit de filtration alimentant le toit de l'aquifère. Les nappes aquifères sont naturellement réalimentées par les précipitations et fonte des neiges et, à un moindre degré, par les écoulements de surface (rivières et lacs) ; mais cette réalimentation peut être affectée par les activités anthropiques comme l'imperméabilisation des sols, les défrichements ou l’exploitation forestière : elles s'accompagnent de la destruction de la couche humique, ce qui réduit l'infiltration, favorise le ruissellement et ralentit la recharge des nappes. L'exploitation des aquifères, particulièrement pour l’irrigation, peut aussi abaisser le niveau des nappes. La réalimentation des nappes est importante pour gestion durable de la ressource en eau, puisqu’à long terme le débit soustrait à un aquifère va cesser de compenser les pompages. L'infiltration contribue aussi à faire migrer les nitrates et autres sels qui finissent par saturer la pédosphère, vers les couches de sol plus profondes, voire dans les aquifères. Les racines des arbres piègent l'eau et en renvoient une partie vers l'aquifère, au détriment du ruissellement. Les crues augmentent temporairement la perméabilité du lit majeur en chassant les silts vers l'aval, et contribuent ainsi à faciliter la réalimentation de l’aquifère. La réalimentation artificielle des nappes est de plus en plus courante en Inde, où le surpompage des terrains par les agriculteurs avait atteint des proportions dramatiques : depuis 2007, sur la base des recommandations de l'Institut international de gestion de l'eau, le gouvernement fédéral indien 400 millions de $ pour financer des puits d'injection dans une centaine de districts de sept états touchés par le surpompage.

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