L’alinéa est la marque d'un retour à la ligne. C'est en ce sens une ponctuation de texte. Par extension, il prend un deuxième sens en désignant la portion de texte comprise entre deux retours à la ligne. Si le paragraphe est en principe une subdivision plus grande — un paragraphe pouvant contenir plusieurs alinéas –, l'usage commun du traitement de texte tend à confondre les deux termes.
Selon les sources, on donne du mot alinéa deux étymologies différentes, en un sens opposées, mais somme toute compatibles, la première visant le retour à la ligne et la deuxième le retrait qui peut marquer ce retour :
le latin ad lineam, à l’accusatif, c’est-à-dire « en allant vers la ligne, à la ligne » ;
le latin a linea (avec des a longs, c’est-à-dire à l’ablatif), ce qui signifie « en s’éloignant, en s’écartant de la ligne ».
La première explication rappelle l’instruction donnée en dictée à la personne qui écrit par la personne qui dicte : « à la ligne ».
L'usage d'alinéa comme portion structurelle de texte plutôt que comme marque de cette structuration correspond à ce que l’on sait du premier emploi du mot en français, qui se trouve dans la Correspondance de Jean-Louis Guez de Balzac, publiée en 1654 :
« À votre loisir, écrit-il à son correspondant, vous me ferez copier [...] la Harangue de La Casa parce que je désire la mettre dans une préface à la fin des Lettres choisies. Mais je voudrais que la copie fust [divisée] en plusieurs sections, ou (pour parler comme Rocollet) en des a linea, comme sont tous mes discours, qui est une chose qui aide extrêmement celui qui lit et démesle bien la confusion des espèces. » (cité dans Littré, s.v. alinéa).
Pierre Rocolet est, à l'époque, imprimeur du roi Louis XIV ; « parler comme Rocolet », c’est préciser qu’« a linea » doit être pris au sens technique, typographique, c’est-à-dire « en commençant une nouvelle ligne », et, pour ce faire, en quittant la ligne en cours de composition sans la finir pour en commencer une nouvelle à distance de la marge gauche.