vignette|La colonne d'eau et ses différents étages d'espèces. La « colonne d'eau » est un concept utilisé en écologie aquatique pour désigner, représenter et étudier les « compartiments » et niches écologiques et espèces du volume d'eau compris entre le fond et la surface. En écologie, on désigne l'ensemble des êtres vivant dans la colonne d'eau par le terme « pélagos ». Le terme colonne d'eau est également employé en plongée sous-marine pour décrire la zone dans laquelle les plongeurs montent et descendent. Ce concept est principalement utilisé en océanographie et pour les études et évaluations environnementales concernant les lacs, par exemple pour : l'étude des phénomènes de stratification thermique ou saline (superposition de plusieurs couches d'eau ne se mélangeant pas) selon la profondeur, et l'étude des effets écologiques de cette stratification (zones mortes liées à des phénomènes d'anoxie notamment, effets microclimatiques en surface, etc ; l'étude des mécanismes de déstratification, c'est-à-dire de mélange de ces couches (thermiquement ou chimiquement stratifiées) par exemple dans une mare, un lac ou d'une zone marine ; ce mélange a une importante composante passive ou abiotique (avec exemple, par les courants et convections induits par le vent, avec les upwellings et les endo-upwellings). Mais il a aussi une composante biotique (mouvements verticaux et horizontaux du plancton, zooplancton notamment et de nombreux autres organismes qui contribuent aux « micromélanges » de l'eau et à des transferts quotidiens ou saisonniers d'éléments par le mouvement de leurs populations et leur activité ; l'étude de la variation de paramètres physicochimiques caractérisant la colonne d'eau tels que température, salinité, teneur en oxygène dissous ou d'autres gaz dissous, pH, turbidité, intensité lumineuse, pénétrabilité par les UV, teneurs en solides dissous, etc.). On y étudie aussi les variations de paramètres biologiques (ex : taux de matière organique (carbone organique total), quantité de plancton et sa mobilité, abondance de la faune, etc.

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