Déséquilibre de liaison | EPFL Graph Search

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vignette|Within a family, linkage occurs when two genetic markers (points on a chromosome) remain linked on a chromosome rather than being broken apart by recombination events during meiosis, shown as red lines. In a population, contiguous stretches of founder chromosomes from the initial generation are sequentially reduced in size by recombination events. Over time, a pair of markers or points on a chromosome in the population move from linkage disequilibrium to linkage equilibrium, as recombination events eventually occur between every possible point on the chromosome. En génétique des populations, on dit qu'il y a déséquilibre de liaison si la fréquence des allèles de deux loci différents A et B est différente de ce que donnerait une association aléatoire de ces allèles. Autrement dit, c'est un signe qu'il y a association préférentielle entre deux allèles. De nombreux facteurs influent sur le déséquilibre de liaison, comme la sélection naturelle, le taux de recombinaison génétique, le taux de mutation, la dérive génétique, la stratégie de reproduction et la liaison génétique. Ainsi, l'étude du déséquilibre de liaison renseigne sur les processus génétiques qui structurent une population. On s'intéresse aux gamètes créées dans une population à reproduction sexuée. On note la fréquence d'apparition de l'allèle A sur un locus ( est la proportion de gamètes ayant l'allèle A sur ce locus). Sur un autre locus, l'allèle B apparaît avec une fréquence . La proportion de gamètes ayant à la fois A et B est notée . Lorsque l'association entre A et B est aléatoire (c'est-à-dire quand A et B sont indépendants au sens statistique), la fréquence d'association des gamètes A et B est donnée par le produit . Il y a déséquilibre de liaison lorsque diffère de . Le niveau de déséquilibre de liaison entre A et B est quantifié par le coefficient de déséquilibre de liaison défini par L'indice "AB" de indique de le déséquilibre de liaison est une propriété de la paire d'allèles {A, B}, et non pas une propriété de leurs loci respectifs.

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Tracking genes of ecological relevance using a genome scan in two independent regional population samples of Arabis alpina

Doris Herrmann, Pierre Taberlet

Understanding the genetic basis of adaptation in response to environmental variation is fundamental as adaptation plays a key role in the extension of ecological niches to marginal habitats and in ecological speciation. Based on the assumption that some genomic markers are correlated to environmental variables, we aimed to detect loci of ecological relevance in the alpine plant Arabis alpina L. sampled in two regions, the French (99 locations) and the Swiss (109 locations) Alps. We used an unusually large genome scan [825 amplified fragment length polymorphism loci (AFLPs)] and four environmental variables related to temperature, precipitation and topography. We detected linkage disequilibrium among only 3.5% of the considered AFLP loci. A population structure analysis identified no admixture in the study regions, and the French and Swiss Alps were differentiated and therefore could be considered as two independent regions. We applied generalized estimating equations (GEE) to detect ecologically relevant loci separately in the French and Swiss Alps. We identified 78 loci of ecological relevance (9%), which were mainly related to mean annual minimum temperature. Only four of these loci were common across the French and Swiss Alps. Finally, we discuss that the genomic characterization of these ecologically relevant loci, as identified in this study, opens up new perspectives for studying functional ecology in A. alpina, its relatives and other alpine plant species.

2010

Déséquilibre de liaison

Recombinaison homologue

thumb | 275px | alt=Schéma du chromosome 1 après recombinaison homologue | Figure 1. La recombinaison homologue peut produire de nouvelles combinaisons d'allèles entre les chromosomes parentaux, notamment lors de la méiose.La recombinaison homologue est un type de recombinaison génétique où les séquences de nucléotides sont échangées entre des molécules d'ADN identiques (homologues) ou similaires (Figure 1). Au sens large, la recombinaison homologue est un mécanisme ubiquitaire de réparation des cassures double-brins de l'ADN.

Effective population size

The effective population size (Ne) is a number that, in some simplified scenarios, corresponds to the number of breeding individuals in the population. More generally, Ne is the number of individuals that an idealised population would need to have in order for some specified quantity of interest (typically change of genetic diversity or inbreeding rates) to be the same as in the real population. Idealised populations are based on unrealistic but convenient simplifications such as random mating, simultaneous birth of each new generation, constant population size, and equal numbers of children per parent.

MATH-438: Statistical genetics

This course will cover the major topics in statistical genetics.

Génomique : Détection de SNP & Stratification de Population BIO-373: Genetics and genomics

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Liens génétiques et recombinaison BIOENG-110: General Biology

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Héritage génétique : albinisme et mutations BIO-105: Cellular biology and biochemistry for engineers

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