Êtes-vous un étudiant de l'EPFL à la recherche d'un projet de semestre?
Travaillez avec nous sur des projets en science des données et en visualisation, et déployez votre projet sous forme d'application sur Graph Search.
Concept
F-statistics
Résumé
In population genetics, F-statistics (also known as fixation indices) describe the statistically expected level of heterozygosity in a population; more specifically the expected degree of (usually) a reduction in heterozygosity when compared to Hardy–Weinberg expectation.
F-statistics can also be thought of as a measure of the correlation between genes drawn at different levels of a (hierarchically) subdivided population. This correlation is influenced by several evolutionary processes, such as genetic drift, founder effect, bottleneck, genetic hitchhiking, meiotic drive, mutation, gene flow, inbreeding, natural selection, or the Wahlund effect, but it was originally designed to measure the amount of allelic fixation owing to genetic drift.
The concept of F-statistics was developed during the 1920s by the American geneticist Sewall Wright, who was interested in inbreeding in cattle. However, because complete dominance causes the phenotypes of homozygote dominants and heterozygotes to be the same, it was not until the advent of molecular genetics from the 1960s onwards that heterozygosity in populations could be measured.
F can be used to define effective population size.
The measures FIS, FST, and FIT are related to the amounts of heterozygosity at various levels of population structure. Together, they are called F-statistics, and are derived from F, the inbreeding coefficient. In a simple two-allele system with inbreeding, the genotypic frequencies are:
The value for is found by solving the equation for using heterozygotes in the above inbred population. This becomes one minus the observed frequency of heterozygotes in a population divided by the expected frequency of heterozygotes at Hardy–Weinberg equilibrium:
where the expected frequency at Hardy–Weinberg equilibrium is given by
where and are the allele frequencies of and , respectively. It is also the probability that at any locus, two alleles from a random individual of the population are identical by descent.
For example, consider the data from E.B.
Source officielle
À propos de ce résultat
Cette page est générée automatiquement et peut contenir des informations qui ne sont pas correctes, complètes, à jour ou pertinentes par rapport à votre recherche. Il en va de même pour toutes les autres pages de ce site. Veillez à vérifier les informations auprès des sources officielles de l'EPFL.
Cours associés (2)
MATH-341: Linear models
Regression modelling is a fundamental tool of statistics, because it describes how the law of a random variable of interest may depend on other variables. This course aims to familiarize students with
BIO-689: Nature, In Code - Biology in JavaScript
Nature, In Code teaches basic biological principles - such as natural selection, epidemics, the evolution of cooperation - by implementing those priciples in the programming language JavaScript. The c
Séances de cours associées (2)
Équilibre Hardy-Weinberg
Couvre l'équilibre de Hardy-Weinberg et son impact sur les fréquences des allèles dans les populations, mettant l'accent sur la dérive génétique et l'élevage sélectif.
Études sur les associations génétiques : méthodes et défis
Explore les méthodes d'étude des associations génétiques, les défis et les limites de l'analyse des données génétiques.
Publications associées (5)
Concepts associés (3)
Génétique des populations
La génétique des populations (GDP) est l'étude de la distribution et des changements de la fréquence des versions d'un gène (allèles) dans les populations d'êtres vivants, sous l'influence des « pressions évolutives » (sélection naturelle, dérive génétique, recombinaison, mutation, et migration). Les changements de fréquence des allèles sont un aspect majeur de l'évolution, la fixation de certains allèles conduit à une modification génétique de la population, et l'accumulation de tels changements dans différentes populations peut conduire au processus de spéciation.
Effet fondateur
thumb|Schématisation de l'effet fondateurÀ gauche, une population globale, diffusant à droite vers trois possibilités de populations fondatrices thumb|Schématisation de l'effet fondateur, avec (Points rouges, en bas du graphique) un effet « goulet d'étranglement ». Si le noyau fondateur a une faible diversité génétique, les populations qui en découleront voient leur risque de dérive génétique ou de maladaptation augmenter.
Flux de gènes
En génétique des populations, le flux génétique, aussi nommé flux de gènes ou migration des gènes, est l'échange de gènes ou de leurs allèles entre différentes populations apparentées en raison de la migration d'individus fertiles ou de leurs gamètes. Les flux génétiques ont généralement lieu au sein d’une même espèce, bien que différents exemples de flux de gènes interspécifiques existent . Dans tous ces cas, ils jouent un rôle majeur dans l’organisation spatiale de la diversité génétique et représentent à ce titre une force évolutive importante.