Êtes-vous un étudiant de l'EPFL à la recherche d'un projet de semestre?
Travaillez avec nous sur des projets en science des données et en visualisation, et déployez votre projet sous forme d'application sur Graph Search.
Concept
Modèle compact
Résumé
vignette|Modèle compact de l'acétyl-CoA, une coenzyme d'activation des groupes acétyle.
En chimie, le modèle compact est un mode de représentation des molécules en trois dimensions dans lequel les atomes sont représentés par des sphères dont le rayon est proportionnel au rayon atomique et dont la distance entre les centres de deux sphères est proportionnelle à la distance entre les noyaux des atomes représentés par ces sphères, toutes ces distances étant reproduites à la même échelle. Les atomes de différents éléments chimiques sont généralement représentés par des sphères de couleurs différentes, chacune de ces couleurs identifiant l'un de ces éléments.
vignette|Vue dynamique de la MDMA, une amphétamine présente dans les comprimés d'ecstasy.
Le modèle compact est également appelé modèle CPK en mémoire des chimistes Robert Corey, Linus Pauling et Walter Koltun, qui ont progressivement développé le concept de modélisation des molécules sous une forme exploitable. Ce modèle se distingue des autres représentations tridimentionnelle, telles que le modèle boule-bâtonnet et les formules topolgiques, par l'utilisation de sphères remplissant les volumes « en taille réelle » pour représenter les atomes. Cela permet de visualiser la forme réelle et les dimensions relatives des molécules ainsi que la forme de la surface moléculaire qu'un conformère donné peut présenter. L'inconvénient de cette représentation est qu'elle masque les liaisons chimiques entre atomes et que les atomes situés en avant-plan masquent ceux situés en arrière plan, ce qui empêche d'appréhender la structure de la molécule dans son ensemble. C'est la raison pour laquelle ces modèles sont généralement utilisés de manière dynamique, surtout lorsqu'il s'agit de représenter des molécules complexes.
vignette|Représentation d'une molécule de dioxyde de soufre dérivée du modèle compact indiquant le potentiel électrostatique de surface par un dégradé de couleurs allant du bleu pour les zones électronégatives au rouge pour les zones électropositive.
Fichier:Indigo3D.
Source officielle
À propos de ce résultat
Cette page est générée automatiquement et peut contenir des informations qui ne sont pas correctes, complètes, à jour ou pertinentes par rapport à votre recherche. Il en va de même pour toutes les autres pages de ce site. Veillez à vérifier les informations auprès des sources officielles de l'EPFL.
Concepts associés (14)
Modèle moléculaire
Un modèle moléculaire est un modèle physique qui représente des molécules et leurs processus. Dans cet article, le "modèle moléculaire" fera principalement référence aux systèmes contenant plus d'un atome et où la structure nucléaire est négligée. La structure électronique est également souvent omise ou représentée de manière très sophistiquée. Les modèles physiques des systèmes atomistiques ont joué un rôle important dans la compréhension de la chimie et dans la génération et la vérification d'hypothèses.
Modèle moléculaire boules-bâtonnets
vignette|Le modèle boules-bâtonnets en plastique de la molécule de proline. Les boules représentent les atomes, et leur couleur indique l'atome représenté. On distingue notamment 5 atomes de carbone (boules noires). Les tiges représentent les liaisons chimiques. On observe une double liaison entre un atome de carbone et un d'oxygène (en rouge).|392x392px En chimie, un modèle moléculaire boules-bâtonnets est un modèle moléculaire d'une substance chimique qui permet la visualisation en trois dimensions de la position de ses atomes et des liaisons chimiques qui les unissent.
Molecular graphics
Molecular graphics is the discipline and philosophy of studying molecules and their properties through graphical representation. IUPAC limits the definition to representations on a "graphical display device". Ever since Dalton's atoms and Kekulé's benzene, there has been a rich history of hand-drawn atoms and molecules, and these representations have had an important influence on modern molecular graphics. Colour molecular graphics are often used on chemistry journal covers artistically.