Une gastro-entérite ou gastroentérite est une inflammation du système digestif pouvant entraîner de la nausée, des vomissements, des crampes abdominales, des flatulences et de la diarrhée, ainsi que de la déshydratation, de la fièvre et des céphalées (maux de tête). La gastro-entérite peut être d'origine bactérienne, c'est-à-dire provoquée par la consommation d'eau ou de nourriture contaminée par des bactéries, telles que les colibacilles présents dans les selles. Des symptômes de gastro-entérite peuvent aussi être causés par des parasites internes, protozoaires ou amibes pathogènes, tel qu'Entamoeba histolytica provoquant la dysenterie amibienne ou amibiase, généralement en raison d'installations sanitaires absentes ou inadéquates. Cependant, dans plus des deux tiers des cas, elle est causée par des virus comme les rotavirus (provoquant en particulier la gastro-entérite infantile), les norovirus (dont le virus de Norwalk), les adénovirus, des calicivirus et des astrovirus. La gastro-entérite est communément appelée « grippe intestinale » (terme inadéquat mais très répandu), lorsqu’elle est causée par un virus, et « empoisonnement alimentaire » ou plus justement « intoxication alimentaire » lorsque causée par une bactérie. La gastro-entérite peut également révéler une dysenterie des voyageurs, aussi connue sous le terme de diarrhée du voyageur ou tourista. Celle-ci peut être due à une infection, le plus souvent par des bactéries (notamment Salmonella, Aeromonas, Escherichia coli, Campylobacter, Shigella, Vibrio cholerae (causant le choléra) et Vibrio (non cholérique)). Parfois, l'infection peut provenir de virus, norovirus (principalement virus de Norwalk), adénovirus, astrovirus, entérovirus, rotavirus. Plus rarement, la tourista sera causée par des amibes ou protozoaires parasitaires (Cyclospora, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium, Giardia ou autre parasite intestinal). La diarrhée s'accompagne souvent de vomissements et de poussées de fièvre, mais les symptômes varient en fonction des individus.

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Norovirus
Norovirus (NoV) est un genre de virus de la famille des Caliciviridae. La seule espèce reconnue est le virus de Norwalk, mais une centaine de souches différentes lui sont rattachées parmi lesquelles le (qui se distingue par un de lecture ouverte) ou la souche . Ces virus ont des effets gastro-intestinaux (vomissements, diarrhées) et semblent (chez la souris au moins) pouvoir infecter les glandes salivaires, la salive véhiculant alors l'agent infectieux ; avec les rotavirus, ils causent des infections chez environ de nouveau-nés et jeunes enfants.
Shigatoxine
Les shigatoxines ou shiga-toxines (STX1 et STX2) sont des toxines particulières codées par les gènes Stx sécrétées par certaines souches de bactéries Escherichia coli : les STEC (Shiga-toxin-Producing Escherichia coli), anciennement connues sous le nom de VTEC (Verotoxin-Producing Escherichia Coli). La shigatoxine tient son nom du fait de sa grande similitude avec une toxine produite par Shigella dysenteriae, la bactérie responsable de la dysenterie.
Nausée
La nausée (du grec ancien / naus, « navire ») est la sensation de mal-être et d'inconfort qui accompagne l'éventuelle approche des vomissements. Cet état est souvent accompagné de contractions de l’estomac, éventuellement préalables à un rejet du bol alimentaire dans l’œsophage préparant un vomissement. Ce n'est pas une maladie en soi, mais un symptôme qui peut être dû à différentes maladies ou médicaments et d'autres conditions, qui ne traduit pas forcément un malaise au niveau de l'estomac.
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