Pliage des protéines: du DCA à AlphaFold

Cette séance de cours se penche sur l'évolution des techniques de pliage des protéines, à partir du DCA au révolutionnaire AlphaFold. L'instructeur explique le concept de pseudo-vraisemblance et son application dans la prédiction des séquences d'acides aminés. La séance de cours explore la transition des potentiels basés sur la physique aux contraintes co-évolutives, conduisant au développement d’AlphaFold. Il traite du flux de travail de l'analyse de couplage direct, de l'importance de l'alignement de séquences multiples et du rôle de l'apprentissage profond dans la prédiction de la structure des protéines. L'instructeur souligne les améliorations apportées par AlphaFold, son processus de formation et l'utilisation de mécanismes d'attention et de transformateurs. La séance de cours conclut en soulignant l'importance de méthodes simples comme le DCA dans l'exploration des ensembles de données et la compréhension de l'évolution des algorithmes de repliement des protéines.