Simulations de dynamique moléculaire : champs de force et paramétrage

Cette séance de cours couvre les bases des simulations de dynamique moléculaire, en se concentrant sur les champs de force et le paramétrage. Il traite des surfaces d'énergie potentielles, des premiers principes et des MD classiques, des champs de force empiriques, des modèles d'eau, des champs de force biomoléculaires, des termes liés et non liés et des champs de force standard. L'instructeur explique le choix des sites d'interaction, la forme analytique des potentiels d'interaction et les limites des champs de force empiriques. Divers paquets MD sont introduits, et le processus de paramétrage manuel et automatisé est détaillé, y compris l'adaptation de force et l'inversion itérative de Boltzmann.