Profil de protéines fondé sur l'activité : Identification des sites drogués

Cette séance de cours porte sur les principes et les applications du profilage des protéines basé sur l'activité (ABPP) pour identifier les sites potentiellement drogués sur les protéines, en discutant des avantages et des limites de cette approche. Il introduit des outils tels que le digest peptide, la traction d'affinité, et l'identification de cible quantitative, mettant en évidence des études de cas ABPP compétitives et ABPP basées sur gel. L'instructeur présente des stratégies pour minimiser la réactivité non ciblée des inhibiteurs covalents et démontre l'utilisation de l'ABPP pour tester ces stratégies. Les exercices en classe comprennent l'analyse des données issues des expériences de l'ABPP pour déterminer la cible de liaison covalente par les sondes et évaluer l'efficacité des modèles de sélectivité cinétique.

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Séances de cours associées (7)

Concepts associés (62)

CH-313: Chemical biology

Closely interfacing with bioengineering and medicine, this course provides foundational concepts in applying small-molecule chemical toolsets to probe the functions of living systems at the mechanisti

Interaction protéine-protéine

thumb|upright=1.2|L'inhibiteur de la ribonucléase en forme de fer à cheval (en représentation « fil de fer ») forme une interaction protéine–protéine avec la protéine de la ribonucléase. Les contacts entre les deux protéines sont représentés sous forme de taches colorées. Une Interaction protéine–protéine apparait lorsque deux ou plusieurs protéines se lient entre elles, le plus souvent pour mener à bien leur fonction biologique.

Conception de médicament

La conception de médicament, plus précisément conception de substance pharmacologiquement active plus connue sous sa dénomination anglaise Drug design est l'ensemble des processus nécessaires à l'élaboration d'un médicament. Dans l'industrie pharmaceutique, ces processus peuvent-être subdivisés et répartis en quatre phases ou étapes : La phase de recherche La phase de développement La phase clinique La phase de mise sur le marché Remarque : Les phases de recherche et développement sont communément dénommées R&D.

Inhibiteur enzymatique

thumb|upright=1.2|Complexe d'une protéase du VIH (rubans rouges, bleus et jaunes) associée à l'inhibiteur qu'est le ritonavir (petite structure en bâtons et boules près du centre). Un inhibiteur enzymatique est une substance se liant à une enzyme et qui en diminue l'activité. Un inhibiteur peut empêcher la fixation du substrat sur le site actif en se fixant à sa place, ou provoquer une déformation de l'enzyme qui rend celle-ci inactive (inhibiteur allostérique).

Protéine kinase

Les kinases de protéine ou protéine-kinases (de l'anglais protein kinase) sont des enzymes qui catalysent le transfert d'un groupe phosphate de l'adénosine triphosphate (ATP) sur l'hydroxyle (groupe –OH) des chaînes latérales des acides aminés ayant une fonction alcool : sérine, thréonine et tyrosine. Protéine–OH + ATP → protéine–O-PO32− + ADP Les protéine-kinases sont impliquées dans la régulation de l'activité des protéines cibles. Certaines protéine-kinases ont besoin de l'activation d'une cycline pour être fonctionnelles, on les appelle kinases cyclines-dépendantes (Cdk).

Chimioprotéomique

La chimioprotéomique (chimio, racine française) ou chemoprotéomique (chemo, racine latine ; provenant du mot anglais chemoproteomics) ou protéomique chimique peut être définie comme la science ayant pour objet l'étude de la réponse d'un protéome à un composé chimique. Elle est une sous-discipline de la biologie chimique, qui utilise les techniques de protéomique et en particulier le séquençage des protéines par spectrométrie de masse pour étudier les interactions d'une molécule avec les protéines contenues dans un échantillon biologique.

Outils de biologie chimique : analyse des mutants DDX3 CH-313: Chemical biology

Analyse l'activité et le développement de l'ATPase d'une enzyme mutante DDX3, couvrant les chaperons de l'ARN, les structures cristallines et le profilage des protéines à base de spectrométrie de masse.

Profil de protéome quantitatif : Identification des cibles chimiques CH-412: Frontiers in chemical biology

Explore le profilage quantitatif des protéomes pour l'identification des cibles de médicaments au moyen du profilage des protéines basé sur l'activité et des techniques avancées de spectrométrie de masse.

Inhibiteurs d'enzymes : conception et outils de médicaments CH-313: Chemical biology

Explore les inhibiteurs des enzymes en tant que médicaments, conception de médicaments et fonction des protéines, y compris le profilage des protéines basé sur l'activité et les outils de recherche du génome.

Méthodes de profilage en protéomique CH-412: Frontiers in chemical biology

Explore les méthodes de profilage protéomique, y compris les approches ABPP, MS et l'identification quantitative des cibles à l'aide de l'étiquetage SILAC et TMT.

Outils de biologie chimique CH-313: Chemical biology

Explore les outils de biologie chimique avancés pour l'identification et l'enrichissement des cibles, y compris l'étiquetage des isotopes stables et l'ABPP compétitif.