Méthodes de profilage en protéomique

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Description

Cette séance de cours porte sur les méthodes de profilage protéomique, en mettant l'accent sur le profilage des protéines à base d'activité (ABPP) et ses applications dans les cellules vivantes et le lysat. Il traite de l'utilisation de la ligandabilité chimique et de la capacité d'action pour cartographier le protéome local, les technologies REX, l'APEX et le retrait de biotine-streptavidin. L'instructeur explique le flux de travail des approches de spectrométrie de masse ascendante (MS), y compris la digestion des peptides, la MS en tandem et différentes méthodes de fragmentation. De plus, il explore l'identification quantitative des cibles à l'aide d'approches d'étiquetage SILAC et TMT, en soulignant les avantages et les différences entre elles. La séance de cours se termine par une discussion sur les limites des approches fondées sur les SP et sur l'importance de concepts avancés comme le PPAB pour l'identification des cibles/ligands.

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Séances de cours associées (38)

Concepts associés (194)

Tandem mass spectrometry, also known as MS/MS or MS2, is a technique in instrumental analysis where two or more mass analyzers are coupled together using an additional reaction step to increase their abilities to analyse chemical samples. A common use of tandem MS is the analysis of biomolecules, such as proteins and peptides. The molecules of a given sample are ionized and the first spectrometer (designated MS1) separates these ions by their mass-to-charge ratio (often given as m/z or m/Q).

La chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse (en anglais Liquid chromatography-mass spectrometry ou LC-MS) est une méthode d'analyse qui combine les performances de la chromatographie en phase liquide et de la spectrométrie de masse afin d'identifier et/ou de quantifier précisément de nombreuses substances. Une unité LC-MS est composée de deux blocs principaux : un chromatographe en phase liquide et un spectromètre de masse. Catégorie:Méthode de la biochimie Catégorie:Chromatogra

thumb|right|Spectromètre de masse La spectrométrie de masse est une technique physique d'analyse permettant de détecter et d'identifier des molécules d’intérêt par mesure de leur masse, et de caractériser leur structure chimique. Son principe réside dans la séparation en phase gazeuse de molécules chargées (ions) en fonction de leur rapport masse/charge (m/z). Elle est utilisée dans pratiquement tous les domaines scientifiques : physique, astrophysique, chimie en phase gazeuse, chimie organique, dosages, biologie, médecine, archéologie.

Ion mobility spectrometry–mass spectrometry (IMS-MS) is an analytical chemistry method that separates gas phase ions based on their interaction with a collision gas and their masses. In the first step, the ions are separated according to their mobility through a buffer gas on a millisecond timescale using an ion mobility spectrometer. The separated ions are then introduced into a mass analyzer in a second step where their mass-to-charge ratios can be determined on a microsecond timescale.

redresse=1.36|vignette|Représentation d'une protéine, ici deux sous-unités d'une molécule d'hémoglobine. On observe les représentées en couleur, ainsi que deux des quatre molécules d'hème, qui sont les groupes prosthétiques caractéristiques de cette protéine. redresse=1.36|vignette|Liaison peptidique –CO–NH– au sein d'un polypeptide. Le motif constitue le squelette de la protéine, tandis que les groupes liés aux sont les chaînes latérales des résidus d'acides aminés.