Méthodes de profilage en protéomique

Cette séance de cours porte sur les méthodes de profilage protéomique, en mettant l'accent sur le profilage des protéines à base d'activité (ABPP) et ses applications dans les cellules vivantes et le lysat. Il traite de l'utilisation de la ligandabilité chimique et de la capacité d'action pour cartographier le protéome local, les technologies REX, l'APEX et le retrait de biotine-streptavidin. L'instructeur explique le flux de travail des approches de spectrométrie de masse ascendante (MS), y compris la digestion des peptides, la MS en tandem et différentes méthodes de fragmentation. De plus, il explore l'identification quantitative des cibles à l'aide d'approches d'étiquetage SILAC et TMT, en soulignant les avantages et les différences entre elles. La séance de cours se termine par une discussion sur les limites des approches fondées sur les SP et sur l'importance de concepts avancés comme le PPAB pour l'identification des cibles/ligands.