Séance de cours
Cette séance de cours couvre l'utilisation de la dynamique moléculaire pour l'échantillonnage, y compris la génération de trajectoires à l'aide des équations de Hamilton, des lois de conservation et des conditions nécessaires à l'équilibre détaillé. Il traite également de l'intégration des équations du mouvement, de la surveillance des fluctuations de l'énergie et de la conservation de l'énergie dans la MD hamiltonienne. L'instructeur explique la dynamique moléculaire à température constante, l'utilisation de thermostats comme le thermostat Andersen et la distinction entre les thermostats globaux et locaux. De plus, des thermostats déterministes et stochastiques tels que les thermostats Nosé-Hoover et Langevin sont présentés, ainsi que leurs caractéristiques et leurs applications.