Simulations de dynamique moléculaire : économie d'énergie

Cette séance de cours couvre le concept de conservation de l'énergie dans les systèmes hamiltoniens avec des potentiels indépendants du temps, en se concentrant sur la conservation de l'énergie totale dans les équations de Newton, Lagrange et Hamilton du mouvement. Il traite également de l'importance de la conservation de l'énergie lors de l'intégration numérique, du choix du pas de temps en fonction du mouvement le plus rapide du système et de l'utilisation d'intégrateurs à pas de temps multiples avec des algorithmes de contrainte pour maintenir les liaisons fixes. La séance de cours met l'accent sur les propriétés d'un propagateur idéal, telles que la précision, la conservation de l'énergie et de l'élan, le faible coût du processeur et de la mémoire, les limites d'erreur, la réversibilité dans le temps et la nature symplectique. Divers intégrateurs et algorithmes de contraintes sont explorés, notamment les multiplicateurs de Velocity Verlet et de Lagrange.