Publication
FluRF, an automated flu virus reassortment finder based on phylogenetic trees
Concepts associés (29)
Épidémie de grippe A (H1N1) de 2009
L' est une pandémie mondiale de grippe qui dure de 2009 à 2010. On estime qu'elle est responsable de 280 000 morts. C'est la seconde pandémie historique causée par le sous-type H1N1 du virus de la grippe A, la première étant la grippe de 1918. La contamination s'effectue principalement par voie aérienne, c'est-à-dire toux et éternuements. Le virus peut survivre de à l'air libre, selon la nature de la surface sur laquelle il repose. Devant l'ampleur de l'épidémie, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) qualifie la situation de pandémie le .
Arbre phylogénétique
vignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.
Phylogénie
La phylogenèse ou phylogénie, du grec ancien , « tribu, famille, clan » et , « création », est l'étude des liens de parenté (relations phylogénétiques ou phylétiques) entre les êtres vivants et ceux qui ont disparu : entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? », tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ; entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qu
Grippe espagnole
La grippe espagnole, également appelée « pandémie grippale de l'année 1918 », est une pandémie de grippe A (H1N1), due à une souche particulièrement virulente et contagieuse qui s'est répandue en et a fini par s'éteindre dans la seconde moitié de l'année 1919. Quelques derniers cas sporadiques ont eu lieu en Nouvelle-Calédonie en . Bien que les premiers cas dûment répertoriés soient apparus en France et aux États-Unis, on lui a attribué le nom de « grippe espagnole » car l'Espagne (non impliquée dans la Première Guerre mondiale) fut le seul pays à publier librement les informations relatives à cette épidémie.
Grippe
La grippe (ou influenza) est une maladie infectieuse fréquente et contagieuse causée par certains virus à ARN de la famille des orthomyxoviridés : le virus de la grippe A, le virus de la grippe B, le virus de la grippe C et le virus de la grippe D. Elle touche les oiseaux et certains mammifères dont le porc, le phoque et l'être humain. Favorisée par la promiscuité et le confinement à l'intérieur des bâtiments, la grippe humaine sévit ainsi sur un mode épidémique, saisonnier automno-hivernal (saison froide) dans les pays tempérés et avec un pic lors de la saison des pluies (saison chaude) dans les pays tropicaux.
Computational phylogenetics
Computational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.
Grippe de Hong Kong
La grippe de 1968 ou grippe de Hong Kong est une pandémie de grippe qui s'est répandue dans le monde entier à partir de l'été 1968 et jusqu’au printemps 1970. Elle a environ tué un à quatre millions de personnes et a été causée par une souche réassortie H3N2 du virus H2N2 de la grippe A. Bien qu'elle soit probablement apparue en Asie centrale ou dans le centre de la Chine vers le mois de février 1968, la pandémie est reconnue à Hong Kong. Elle y frappe un demi-million d'habitants, soit 15 % de la population.
Classification phylogénétique
La classification phylogénétique ou classification cladistique est une forme de classification des êtres vivants qui repose sur leur phylogénie. Elle prend son origine dans les travaux d'une école de taxonomie dite systématique phylogénétique ou systématique cladistique ou cladisme. Cette approche a pour objectif de rendre compte des relations de parenté entre les taxons, s’agissant seulement de l'apparentement, c'est-à-dire des relations de groupes frères et non des relations généalogiques d'ancêtres à descendants, entre des groupes d'organismes quel que soit leur rang taxonomique.
Recombinaison virale
La recombinaison virale est un processus permettant la genèse d'une nouvelle variété de virus en mélangeant le programme génétique de deux virus de la même famille ou sans parenté. On parle de virus réassorti pour désigner le résultat de cette recombinaison. Une recombinaison virale peut se produire si deux virus différents infectent simultanément une même cellule. Par exemple chez le virus de la grippe, le génome est composé de huit fragments d'ARN différents.
Phylogénétique moléculaire
vignette|Séquençage moléculaire La phylogénétique moléculaire est l'utilisation de séquences de macromolécules biologiques pour obtenir des informations sur l'histoire évolutive des organismes vivants, et notamment sur leurs liens de parenté (leur phylogénie). C'est un important outil d'étude parmi ceux de l'évolution moléculaire. Le produit d'une analyse de phylogénétique moléculaire est soit un arbre phylogénétique, soit un graphe du réseau phylogénétique.