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Predicting Novel Binding Modes of Agonists to β Adrenergic Receptors Using All-Atom Molecular Dynamics Simulations

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Mécanique moléculaire

vignette|Physique à l'échelle moléculaire La mécanique moléculaire correspond à l'utilisation de la mécanique newtonienne pour modéliser la structure des systèmes moléculaires. L'approche de la mécanique moléculaire est souvent appliquée pour améliorer des structures moléculaires ou des simulations utilisant soit la dynamique moléculaire, soit la méthode de Monte-Carlo. Typiquement, la mécanique moléculaire considère l'ensemble des interactions entre une collection d'atomes sphériques reliés entre eux par des ressorts fictifs qui représentent les liaisons chimiques.

Selective progesterone receptor modulator

A selective progesterone receptor modulator (SPRM) is an agent that acts on the progesterone receptor (PR), the biological target of progestogens like progesterone. A characteristic that distinguishes such substances from full receptor agonists (e.g., progesterone, progestins) and full antagonists (e.g., aglepristone) is that their action differs in different tissues, i.e. agonist in some tissues while antagonist in others.

Antihistaminique H2

alt=Formule chimique de la cimétidine, premier antihistaminique H2 commercialisé|vignette|Formule chimique de la cimétidine, premier antihistaminique H2 commercialisé. Les antihistaminiques H ou anti-H2 sont des médicaments antagonistes des récepteurs à l'histamine de type 2. Ils agissent au niveau des cellules pariétales de l'estomac pour diminuer sa sécrétion acide. Ils sont indiqués dans les troubles du système gastro-entéro-hépatique ; plus précisément dans les troubles de reflux gastro-œsophagien ou d'ulcères gastro-duodénaux.

Amarrage macromoléculaire

L'amarrage macromoléculaire (en macromolecular docking) est la modélisation informatique de la structure quaternaire de complexes formés par plusieurs macromolécules biologiques en interaction. Les modélisations les plus courantes étant celles des complexes protéine-protéine et protéine-acide nucléique. L'amarrage vise à prédire la structure tri-dimensionnelle du complexe telle qu'elle est dans l'organisme vivant. La procédure peut produire plusieurs structures candidates qui vont ensuite être classées suivant leur pertinence d'apparaître dans la nature.

Conformational entropy

In chemical thermodynamics, conformational entropy is the entropy associated with the number of conformations of a molecule. The concept is most commonly applied to biological macromolecules such as proteins and RNA, but also be used for polysaccharides and other molecules. To calculate the conformational entropy, the possible conformations of the molecule may first be discretized into a finite number of states, usually characterized by unique combinations of certain structural parameters, each of which has been assigned an energy.

In silico

vignette|Une forêt artificielle de dendrites pyramidales cultivée in silico grâce aux lois de branchement neuronal de Cajal In silico (dont la traduction littérale en français est en silice) est un néologisme d'inspiration latine désignant une recherche ou un essai effectué au moyen de calculs complexes informatisés ou de modèles informatiques. Cette expression est surtout utilisée dans les domaines de la génomique et la bioinformatique.

Bêta-2-mimétique

La classe des bêta-2-mimétiques ou Bêta-2-stimulants (ou agonistes β-2 adrénergiques) fait partie des bronchodilatateurs, médicament destiné à traiter ou à prévenir la bronchoconstriction ou bronchospasme, dans une maladie telle que l'asthme. Cette classe comprend des médicaments à action rapide tels que : le salbutamol (Albutérol, Ventoline) ; le (spécialité Maxair) ; la terbutaline (Bricanyl) ; et des médicaments plus lents agissant sur une plus longue période tels que : le salmétérol (Sérévent) ; le formotérol (Foradil) ; le bambutérol (Oxéol).

Chimiorécepteur

Un chimiorécepteur (aussi appelé chémorécepteur) est une cellule nerveuse capable de détecter des substances chimiques et de relayer cette information vers le système nerveux central. Ils peuvent détecter des stimuli externes (odorat et goût) ou internes (pression partielle de dioxyde de carbone ou de dioxygène).

Alpha-2 adrenergic receptor

The alpha-2 (α2) adrenergic receptor (or adrenoceptor) is a G protein-coupled receptor (GPCR) associated with the Gi heterotrimeric G-protein. It consists of three highly homologous subtypes, including α2A-, α2B-, and α2C-adrenergic. Some species other than humans express a fourth α2D-adrenergic receptor as well. Catecholamines like norepinephrine (noradrenaline) and epinephrine (adrenaline) signal through the α2-adrenergic receptor in the central and peripheral nervous systems.

Mode of action

In pharmacology and biochemistry, mode of action (MoA) describes a functional or anatomical change, resulting from the exposure of a living organism to a substance. In comparison, a mechanism of action (MOA) describes such changes at the molecular level. A mode of action is important in classifying chemicals, as it represents an intermediate level of complexity in between molecular mechanisms and physiological outcomes, especially when the exact molecular target has not yet been elucidated or is subject to debate.