Matière organiquevignette|Le bois est essentiellement composé de matière organique (lignine et cellulose principalement), très dense en carbone. La matière organique (parfois abrégée MO) est la matière fabriquée par les êtres vivants (végétaux, animaux, champignons et autres décomposeurs dont micro-organismes). La matière organique compose leurs tissus (tige, coquille, muscles, etc). Elle compose la biomasse vivante et morte (nécromasse) au sein d'un cycle décomposition/biosynthèse où une part de cette matière est fossilisée (charbon, pétrole, gaz naturel), minéralisée ou recyclée dans les écosystèmes et agro-écosystèmes.
Planctonthumb|250px|right|Les diatomées sont une des bases des réseaux trophiques océaniques et d'eau douce. Certaines sont considérées comme bioindicatrices de la qualité de l'eau. thumb|250px|right|Zooplancton. Selon Hensen (1887), le plancton (du grec ancien , « errant, instable ») est un groupe polyphylétique d'organismes généralement unicellulaires vivant dans les eaux douces, saumâtres et salées, le plus souvent en suspension et apparemment passivement : gamètes, larves, animaux inaptes à lutter contre le courant (petits crustacés planctoniques, siphonophores et méduses), végétaux et algues microscopiques.
ÉcologieL'écologie, ou écologie scientifique, est une science qui étudie les interactions des êtres vivants entre eux et avec leur milieu. L'ensemble des êtres vivants, de leur milieu de vie et des relations qu'ils entretiennent forme un écosystème. L'écologie fait partie intégrante de la discipline plus vaste qu'est la science de l'environnement (ou science environnementale). Une définition généralement admise, particulièrement utilisée en écologie humaine, admet l'écologie comme étant ; l'environnement est .
Biodiversité marineLa biodiversité marine est l'ensemble de la diversité biologique propre aux océans ou en dépendant très directement. Elle est en forte régression (du point de vue de la richesse trophique notamment) depuis plus de , incontestablement du fait des activités humaines et en particulier du fait de la surpêche et de la pollution et artificialisation des fleuves, estuaires, ports et zones côtières. thumb|left|Animaux marins.
Zone pélagiqueLa zone pélagique est la partie des lacs, des mers ou océans comprenant la colonne d'eau, c'est-à-dire les parties autres que les côtes ou le fond marin (la plaine abyssale). Par opposition, la zone démersale comprend l'eau proche des côtes ou du fond marin. Le nom provient du grec πέλαγος (pélagos), qui peut se traduire par « haute mer ».
Structure sédimentaireLes structures sédimentaires dans les couches sédimentaires et les roches sédimentaires, se forment au moment du dépôt et possèdent des caractéristiques très variées. Les sédiments et les roches sédimentaires sont identifiés par le litage qui se produit lorsque des couches, avec des tailles de particules différentes, sont déposées les unes sur les autres. Les épaisseurs de lits habituellement de quelques millimètres à quelques centimètres d'épaisseur, peuvent parfois mesurer jusqu'à plusieurs mètres, voire plus d'une dizaine de mètres.
Zone aphotiqueLa zone aphotique est la zone d'un lac, d'une mer ou d'un océan qui débute à la profondeur à partir de laquelle la photosynthèse n'est plus possible en raison du manque de lumière naturelle. La zone aphotique se situe en dessous de la zone photique, partie de la masse d'eau où la lumière pénétrante permet la photosynthèse. Cette zone aphotique correspond, dans l'océan, aux zones mésale, bathyale et abyssale. Le terme aphotique vient du grec φοτος (photos, « lumière ») et du préfixe a- qui signifie « sans ».
Biologie marinevignette|redresse=1.1|Les écosystèmes marins comptent parmi les plus complexes, les plus répandus et les moins bien connus de notre planète. La biologie marine est l'étude scientifique des organismes et écosystèmes marins, littoraux et estuariens ou d’organismes indirectement liés à l'eau de mer (oiseaux marins par exemple). La biologie marine diffère de l'écologie marine. En écologie marine, les chercheurs se concentrent sur la façon dont les organismes interagissent les uns avec les autres et l'environnement, tandis qu’en biologie marine, les chercheurs étudient l’organisme lui-même.
Bassin sédimentaireUn bassin sédimentaire est une dépression relative de la croûte terrestre située sur un continent émergé, un plateau continental, ou encore dans un océan, formée par subsidence thermique ou tectonique et qui recueille des quantités relativement importantes de matériaux sédimentaires qui, par des phénomènes de diagenèse, se transforment ensuite petit à petit en couches stratifiées de roches sédimentaires. Parmi ces matériaux on peut en particulier trouver des accumulations d'origine organique, comme du charbon.
Theoretical ecologyTheoretical ecology is the scientific discipline devoted to the study of ecological systems using theoretical methods such as simple conceptual models, mathematical models, computational simulations, and advanced data analysis. Effective models improve understanding of the natural world by revealing how the dynamics of species populations are often based on fundamental biological conditions and processes. Further, the field aims to unify a diverse range of empirical observations by assuming that common, mechanistic processes generate observable phenomena across species and ecological environments.
