Matière organique
vignette|Le bois est essentiellement composé de matière organique (lignine et cellulose principalement), très dense en carbone. La matière organique (parfois abrégée MO) est la matière fabriquée par les êtres vivants (végétaux, animaux, champignons et autres décomposeurs dont micro-organismes). La matière organique compose leurs tissus (tige, coquille, muscles, etc). Elle compose la biomasse vivante et morte (nécromasse) au sein d'un cycle décomposition/biosynthèse où une part de cette matière est fossilisée (charbon, pétrole, gaz naturel), minéralisée ou recyclée dans les écosystèmes et agro-écosystèmes. Elle est à l'origine de la couleur thé (acides humiques) des eaux s'écoulant dans les forêts ou tourbières, et de la couleur noire des sols riches en humus ou de certains sédiments très riches en matière organique. Via les complexes argile-humiques, elle joue un rôle important dans la cohérence et la stabilité des sols. Elle peut être localement concentrée dans les sédiments et dans le noyau vaseux des estuaires, avec alors un comportement et une évolution biochimique particuliers, notamment lors du passage de l’eau douce à l’eau salée. Améliorer le taux de carbone d'un sol améliore sa fertilité. Il existerait aux environs de 200 minéraux organiques, c'est-à-dire formés de matières organiques minéralisées. La matière organique se distingue du reste de la matière , à plusieurs titres : une faible proportion dans l'univers ; le rôle central joué par le carbone ; une évolution rapide au sein de cycles notamment dans les écosystèmes où elle passe par des étapes de décomposition. Il est encore difficile d'évaluer la masse totale de carbone organique dans les sols. On considère que le carbone des sols est principalement situé en zone tropicale et subtropicale où l'on estimait (très grossièrement, dans les années 1990) que cette masse est comprise entre . Pour le monde entier, cette masse est estimée à , soit plus de trois fois la masse de tous les matériaux organiques situés au-dessus de la surface de la Terre (sous forme d'arbres, d'autres plantes, de microbes, plancton et micro-organismes principalement).