Third-generation sequencingThird-generation sequencing (also known as long-read sequencing) is a class of DNA sequencing methods currently under active development. Third generation sequencing technologies have the capability to produce substantially longer reads than second generation sequencing, also known as next-generation sequencing. Such an advantage has critical implications for both genome science and the study of biology in general. However, third generation sequencing data have much higher error rates than previous technologies, which can complicate downstream genome assembly and analysis of the resulting data.
Conformational epitopeIn immunology, a conformational epitope is a sequence of sub-units (usually amino acids) composing an antigen that come in direct contact with a receptor of the immune system. An antigen is any substance that the immune system can recognize as foreign. Antigens are usually proteins that are too large to bind as a whole to any receptor so only specific segments, that form the antigen, bind with a specific receptor. Such segments are called epitopes. Likewise, it is only the paratope of the receptor that comes in contact with the epitope.
Massive parallel sequencingMassive parallel sequencing or massively parallel sequencing is any of several high-throughput approaches to DNA sequencing using the concept of massively parallel processing; it is also called next-generation sequencing (NGS) or second-generation sequencing. Some of these technologies emerged between 1993 and 1998 and have been commercially available since 2005. These technologies use miniaturized and parallelized platforms for sequencing of 1 million to 43 billion short reads (50 to 400 bases each) per instrument run.
Tri comptageLe tri comptage (counting sort en anglais), appelé aussi tri casier, est un algorithme de tri par dénombrement qui s'applique sur des valeurs entières. Le principe repose sur la construction de l'histogramme des données, puis le balayage de celui-ci de façon croissante, afin de reconstruire les données triées. Ici, la notion de stabilité n'a pas réellement de sens, puisque l'histogramme factorise les données – plusieurs éléments identiques seront représentés par un unique élément quantifié.
Clinical metagenomic sequencingClinical metagenomic next-generation sequencing (mNGS) is the comprehensive analysis of microbial and host genetic material (DNA or RNA) in clinical samples from patients by next-generation sequencing. It uses the techniques of metagenomics to identify and characterize the genome of bacteria, fungi, parasites, and viruses without the need for a prior knowledge of a specific pathogen directly from clinical specimens.
Vaccin à sous-unitésUn vaccin à sous-unités ou vaccin sous-unitaire est un vaccin qui contient des parties purifiées d'agents pathogènes qui sont antigéniques ou nécessaires pour induire une réponse immunitaire protectrice. Au contraire d'un vaccin à virus atténué ou à virus inactivé, il ne contient que les parties antigéniques telles que des sous-unités protéiquess, des polysaccharides ou des peptides. Puisqu'il ne contient aucune partie « vivante » de l'agent pathogène, il n'y a aucun risque qu'il introduise la maladie, il est plus sécuritaire et plus stable qu'un vaccin qui contient le pathogène complet.
Tri par insertionEn informatique, le tri par insertion est un algorithme de tri classique. La plupart des personnes l'utilisent naturellement pour trier des cartes à jouer. En général, le tri par insertion est beaucoup plus lent que d'autres algorithmes comme le tri rapide (ou quicksort) et le tri fusion pour traiter de grandes séquences, car sa complexité asymptotique est quadratique. Le tri par insertion est cependant considéré comme l'algorithme le plus efficace sur des entrées de petite taille.
Tri par baseEn algorithmique le tri par base, ou tri radix de radix sort en anglais, est un algorithme de tri, utilisé pour ordonner des éléments identifiés par une clef unique. Chaque clef est une chaîne de caractères ou un nombre que le tri par base trie selon l'ordre lexicographique. Cet algorithme a besoin d'être couplé avec un ou plusieurs algorithmes de tri stable. Le principe de l'algorithme est le suivant : On considère le chiffre le moins significatif de chaque clef. On trie la liste des éléments selon ce chiffre avec un algorithme de tri stable.
Tri fusionEn informatique, le tri fusion, ou tri dichotomique, est un algorithme de tri par comparaison stable. Sa complexité temporelle pour une entrée de taille n est de l'ordre de n log n, ce qui est asymptotiquement optimal. Ce tri est basé sur la technique algorithmique diviser pour régner. L'opération principale de l'algorithme est la fusion, qui consiste à réunir deux listes triées en une seule. L'efficacité de l'algorithme vient du fait que deux listes triées peuvent être fusionnées en temps linéaire.
AntigèneUn antigène est une macromolécule naturelle ou synthétique qui, reconnue par des anticorps ou des cellules du système immunitaire d’un organisme, peut déclencher une réaction immunitaire. Les antigènes sont généralement des protéines, des polysaccharides et leurs dérivés lipidiques. Des fragments d'antigènes appelés haptènes peuvent aussi provoquer une allergie.
