Membrane topologyTopology of a transmembrane protein refers to locations of N- and C-termini of membrane-spanning polypeptide chain with respect to the inner or outer sides of the biological membrane occupied by the protein. Several databases provide experimentally determined topologies of membrane proteins. They include Uniprot, TOPDB, OPM, and ExTopoDB. There is also a database of domains located conservatively on a certain side of membranes, TOPDOM. Several computational methods were developed, with a limited success, for predicting transmembrane alpha-helices and their topology.
Membrane (chimie)Une membrane est une structure de faible épaisseur, relativement à sa taille, séparant deux milieux en empêchant toute la matière dans le cas de certaines membranes biologiques, ou seulement une partie de la matière de passer de l'un à l'autre des milieux en fonction de la largeur de ses pores et de son épaisseur. Le concept de membrane date du , mais n’a été utilisé, pour les membranes synthétiques, massivement en dehors des laboratoires qu'à partir de la seconde guerre mondiale.
Pathogenic bacteriaPathogenic bacteria are bacteria that can cause disease. This article focuses on the bacteria that are pathogenic to humans. Most species of bacteria are harmless and are often beneficial but others can cause infectious diseases. The number of these pathogenic species in humans is estimated to be fewer than a hundred. By contrast, several thousand species are part of the gut flora present in the digestive tract.
Cell envelopeThe cell envelope comprises the inner cell membrane and the cell wall of a bacterium. In gram-negative bacteria an outer membrane is also included. This envelope is not present in the Mollicutes where the cell wall is absent. Bacterial cell envelopes fall into two major categories: a gram-positive type and a gram-negative type, distinguished by Gram staining. Either type may have an enclosing capsule of polysaccharides for extra protection. As a group these are known as polysaccharide encapsulated bacteria.
Pompe calciumvignette|Ca2+-ATPase La Ca2+-ATPase est une protéine transmembranaire retrouvée dans la plupart des membranes cellulaires des eucaryotes. Elle fonctionne grâce à l'hydrolyse de l'ATP. Elle est constituée de 1029 acides aminés et a un poids moléculaire de 112 kDa. Cette pompe possède dix domaines transmembranaires et est retrouvée à la fois sur la membrane cytoplasmique des cellules et dans les membranes du réticulum sarcoplasmique. Ces vésicules sont des réserves intracellulaires de calcium, un atome (ion) essentiel au bon fonctionnement de la contraction musculaire.
Protéine membranaire intégralevignette|Exemples de protéines membranaires polytopiques. vignette|Exemples de protéines membranaires monotopiques. Une protéine membranaire intégrale, ou protéine intégrale de membrane, est une protéine en interaction permanente avec une membrane biologique. Toutes les protéines transmembranaires sont des protéines membranaires intégrales, mais toutes les protéines membranaires intégrales ne sont pas nécessairement transmembranaires.
Adhésine bactérienneAdhesins are cell-surface components or appendages of bacteria that facilitate adhesion or adherence to other cells or to surfaces, usually in the host they are infecting or living in. Adhesins are a type of virulence factor. Adherence is an essential step in bacterial pathogenesis or infection, required for colonizing a new host. Adhesion and bacterial adhesins are also a potential target for prophylaxis or treatment of bacterial infections. Bacteria are typically found attached to and living in close association with surfaces.
Matrice extracellulaireLa matrice extracellulaire est, dans des organismes vivants, un réseau tridimensionnel de macromolécules extracellulaires qui constitue la charpente des tissus. Appelé aussi ciment intercellulaire chez les animaux, ce réseau est présent dans tous les tissus animaux et est un support pour l'adhésion cellulaire. La matrice est constituée en grande partie de glycoprotéines et de protéines, ainsi que de glycosaminoglycanes chez les animaux et des pectines dans celle des végétaux.
Agent infectieuxUn est un agent biologique pathogène responsable d'une maladie infectieuse. Les agents infectieux sont majoritairement des micro-organismes, notamment des bactéries et des virus. Cependant, certains agents pathogènes ne sont pas des organismes (les prions), d'autres ne sont pas microscopiques (les vers parasites). Le pouvoir pathogène d'un agent infectieux mesure sa capacité à provoquer une maladie chez un organisme hôte. La virulence d'un agent infectieux mesure sa capacité à se développer dans un organisme (pouvoir invasif) et à y sécréter des toxines (pouvoir toxique).
Pseudomonas aeruginosaPseudomonas aeruginosa, autrement connu sous le nom de bacille pyocyanique, bacille du pus bleu ou pyo, est une bactérie gram-négative du genre Pseudomonas. Les bacilles sont fins, droits et très mobiles grâce à un flagelle polaire : ciliature monotriche, dépourvus de spores et de capsules. Ils apparaissent la plupart du temps isolés ou en diplobacilles. Elle peut, dans certaines conditions, être pathogène. Très résistante, elle est — avec d'autres bactéries à gram-négatif — de plus en plus souvent responsable d'infections nosocomiales.
