OmiqueLes branches de la science connues sous le nom d'omiques (ou -omiques) sont constituées de diverses disciplines de la biologie dont les noms se terminent par le suffixe « -omique », comme la génomique, la protéomique, la métabolomique, la métagénomique et la transcriptomique. Les « omiques » visent la caractérisation et la quantification collectives de pools de molécules biologiques qui se traduisent par la structure, la fonction et la dynamique d'un ou plusieurs organismes: le tout étant souvent utilisé pour décrire ou comprendre un phénotype.
PhyllosphèreEn microbiologie, la phyllosphère est l'ensemble des parties des plantes situées au-dessus du niveau du sol et considéré comme habitat pour les micro-organismes. Notamment en raison du caractère mortel ou inhibiteur des UV solaires pour de nombreux microbes de la phyllosphère, les habitats microbiens et fongiques sont préférentiellement situés au-dessous du niveau du sol (et surtout dans la mince partie du sol qui gaine les racines et des tiges souterraines) sont considérés comme, respectivement, la rhizosphère et la (ou laïmosphère).
Tapis microbiendroite|vignette| Un tapis d'algues formé par des cyanobactéries, dans lac salé au bord de la mer Blanche. Un tapis microbien est une pellicule multicouche constituée de micro-organismes, principalement des bactéries et des archées. Il correspond à un biofilm suffisamment épais pour que la cohérence entre les micro-organismes soit très forte et maintenue même lorsqu'on sépare ce tapis de son support d’accrochage. Ces tapis se développent aux interfaces entre différents types de matériaux, principalement sur des surfaces immergées ou humides, bien que quelques-uns survivent dans les déserts.
Micro-organismeUn micro-organisme ou microorganisme (du grec μικρός, mikrós, « petit » et de ὀργανισμός, organismós, « organisme ») ou microbe (du grec μικρός, mikrós, « petit » et βίος, bíos, « vie ») est un organisme vivant qui, individuellement invisible à l'œil nu, ne peut être observé qu'à l'aide d'un microscope. Ce sont tous des organismes unicellulaires. Les trois domaines du vivant sont représentés parmi les microorganismes : bactéries, archées et eucaryotes unicellulaires (protistes et champignons).
Whole genome sequencingWhole genome sequencing (WGS), also known as full genome sequencing, complete genome sequencing, or entire genome sequencing, is the process of determining the entirety, or nearly the entirety, of the DNA sequence of an organism's genome at a single time. This entails sequencing all of an organism's chromosomal DNA as well as DNA contained in the mitochondria and, for plants, in the chloroplast. Whole genome sequencing has largely been used as a research tool, but was being introduced to clinics in 2014.
Groundwater energy balanceThe groundwater energy balance is the energy balance of a groundwater body in terms of incoming hydraulic energy associated with groundwater inflow into the body, energy associated with the outflow, energy conversion into heat due to friction of flow, and the resulting change of energy status and groundwater level. When multiplying the horizontal velocity of groundwater (dimension, for example, per cross-sectional area) with the groundwater potential (dimension energy per volume of water, or ) one obtains an energy flow (flux) in for the given flow and cross-sectional area.
Extracellular polymeric substanceExtracellular polymeric substances (EPSs) are natural polymers of high molecular weight secreted by microorganisms into their environment. EPSs establish the functional and structural integrity of biofilms, and are considered the fundamental component that determines the physicochemical properties of a biofilm. EPS in the matrix of biofilms provides compositional support and protection of microbial communities from the harsh environments. Components of EPS can be of different classes of polysaccharides, lipids, nucleic acids, proteins, lipopolysaccharides, and minerals.
Micro-organisme sulfato-réducteurvignette|Desulfovibrio vulgaris est l'espèce de micro-organisme sulfato-réductrice la plus étudiée ; la barre d'échelle en haut à droite représente 0,5 μm de longueur. Les micro-organismes sulfato-réducteurs (MSR) ou réducteurs de sulfate, encore appelés procaryotes sulfato-réducteurs (PSR) sont un groupe de microorganismes comprenant les bactéries sulfato-réductrices (BSR) et les archées sulfato-réducteurs (ASR). Ces deux sous-groupes peuvent effectuer leur respiration anaérobie en utilisant le sulfate (SO42−) comme accepteur d'électron final, en le réduisant en sulfure d'hydrogène (H2S).
Groundwater pollutionGroundwater pollution (also called groundwater contamination) occurs when pollutants are released to the ground and make their way into groundwater. This type of water pollution can also occur naturally due to the presence of a minor and unwanted constituent, contaminant, or impurity in the groundwater, in which case it is more likely referred to as contamination rather than pollution.
Marine coastal ecosystemA marine coastal ecosystem is a marine ecosystem which occurs where the land meets the ocean. Marine coastal ecosystems include many very different types of marine habitats, each with their own characteristics and species composition. They are characterized by high levels of biodiversity and productivity. For example, estuaries are areas where freshwater rivers meet the saltwater of the ocean, creating an environment that is home to a wide variety of species, including fish, shellfish, and birds.
