Micro-organisme

Un micro-organisme ou microorganisme (du grec μικρός, mikrós, « petit » et de ὀργανισμός, organismós, « organisme ») ou microbe (du grec μικρός, mikrós, « petit » et βίος, bíos, « vie ») est un organisme vivant qui, individuellement invisible à l'œil nu, ne peut être observé qu'à l'aide d'un microscope. Ce sont tous des organismes unicellulaires. Les trois domaines du vivant sont représentés parmi les microorganismes : bactéries, archées et eucaryotes unicellulaires (protistes et champignons). Certains microbiologistes y ajoutent les virus alors que d'autres ne les considèrent pas comme des êtres vivants à part entière, puisqu'ils ne peuvent métaboliser ni se répliquer de manière autonome, hors d'une cellule-hôte. Quoi qu'il en soit, le monde vivant est essentiellement microbien. En améliorant le microscope et en mettant en évidence dès le l'existence des bactéries, Antoni van Leeuwenhoek apparaît comme le précurseur de l'étude des micro-organismes et de la biologie cellulaire. Depuis 1872 (Ferdinand Julius Cohn) les « bactéries » sont différenciées des levures, des moisissures, des infusoires ou des parasites. Le mot « microbe » (littéralement « petite vie ») est introduit par le chirurgien français Charles-Emmanuel Sédillot en 1878 pour désigner tous ces êtres vivants infiniment petits un mois avant que Louis Pasteur et ses collaborateurs ne fassent une communication à l'Académie de médecine sur la « théorie des germes » et ses applications à la médecine et à la chirurgie : des êtres vivants microscopiques y sont déclarés responsables de maladie. Cette approche pasteurienne des microbes, dont les plus grandes réussites concernent des microbes pathogènes et la surreprésentation du phénomène parasitaire microbien au , expliquent que le terme « microbe » comporte encore une forte connotation négative, alors que les micro-organismes participent au cycle du carbone et à celui de l'azote, et jouent un rôle essentiel dans presque tous les écosystèmes.

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vignette|upright=1.5|Une souche archéenne de Thermococcus gammatolerans est hyperthermophile et tolérante à une forte radioactivité. Elle vit dans les grands fonds, idéalement dans une eau salée, anoxique, légèrement acide et à . Un organisme est dit extrêmophile, ou extrémophile, lorsque ses conditions de vie normales sont mortelles pour la plupart des autres organismes : températures proches ou supérieures à (hyperthermophiles) ou inférieures à (psychrophiles), pressions exceptionnelles (barophiles des grands fonds marins), milieux très chargés en sel (halophiles), milieux très acides (acidophiles) ou hyper-alcalins (alcalophiles), milieux radioactifs ou anoxique (sans dioxygène) ou non-éclairé comme les endolithes.