Toxin:antitoxin ratio sensing autoregulation of the <i>Vibrio cholerae parDE2</i> module

The parDE family of toxin-antitoxin (TA) operons is ubiquitous in bacterial genomes and, in Vibrio cholerae, is an essential component to maintain the presence of chromosome II. Here, we show that transcription of the V. cholerae parDE2 (VcparDE) operon is regulated in a toxin:antitoxin ratio-dependent manner using a molecular mechanism distinct from other type II TA systems. The repressor of the operon is identified as an assembly with a 6:2 stoichiometry with three interacting ParD2 dimers bridged by two ParE2 monomers. This assembly docks to a three-site operator containing 5 '- GGTA-3 ' motifs. Saturation of this TA complex with ParE2 toxin results in disruption of the interface between ParD2 dimers and the formation of a TA complex of 2:2 stoichiometry. The latter is operator binding-incompetent as it is incompatible with the required spacing of the ParD2 dimers on the operator.

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Gabriela Garcia Rodriguez
2024
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En analyse fonctionnelle, un opérateur non borné est une application linéaire partiellement définie. Plus précisément, soient X, Y deux espaces vectoriels. Un tel opérateur est donné par un sous-espace dom(T) de X et une application linéaire dont l'ensemble de définition est dom(T) et l'ensemble d'arrivée est Y. Considérons X = Y = L(R) et l'espace de Sobolev H(R) des fonctions de carré intégrable dont la dérivée au sens des distributions appartient, elle aussi, à L(R).

En mathématiques et plus précisément en algèbre linéaire, un endomorphisme autoadjoint ou opérateur hermitien est un endomorphisme d'espace de Hilbert qui est son propre adjoint (sur un espace de Hilbert réel on dit aussi endomorphisme symétrique). Le prototype d'espace de Hilbert est un espace euclidien, c'est-à-dire un espace vectoriel sur le corps des réels, de dimension finie, et muni d'un produit scalaire. L'analogue sur le corps des complexes s'appelle un espace hermitien.

En mathématiques, et plus précisément en analyse fonctionnelle, un opérateur compact est une application continue entre deux espaces vectoriels topologiques X et Y envoyant les parties bornées de X sur les parties relativement compactes de Y. Les applications linéaires compactes généralisent les applications linéaires continues de rang fini. La théorie est particulièrement intéressante pour les espaces vectoriels normés ou les espaces de Banach. En particulier, dans un espace de Banach, l'ensemble des opérateurs compacts est fermé pour la topologie forte.