Introduction to virusesA virus is a tiny infectious agent that reproduces inside the cells of living hosts. When infected, the host cell is forced to rapidly produce thousands of identical copies of the original virus. Unlike most living things, viruses do not have cells that divide; new viruses assemble in the infected host cell. But unlike simpler infectious agents like prions, they contain genes, which allow them to mutate and evolve. Over 4,800 species of viruses have been described in detail out of the millions in the environment.
Assemblage (bio-informatique)En bio-informatique, l'assemblage consiste à aligner et/ou fusionner des fragments d'ADN ou d'ARN issus d'une plus longue séquence afin de reconstruire la séquence originale. Il s'agit d'une étape d'analyse in silico qui succède au séquençage de l'ADN ou de l'ARN d'un organisme unique, d'une colonie de clones (bactériens par exemple), ou encore d'un mélange complexe d'organismes. Le problème de l'assemblage peut être comparé à celui de la reconstruction du texte d'un livre à partir de plusieurs copies de celui-ci, préalablement déchiquetées en petits morceaux.
Vecteur viralLes vecteurs viraux sont des outils couramment utilisés en biologie moléculaire pour délivrer un gène d’intérêt à l'intérieur de cellules. Ce procédé peut être utilisé sur un organisme vivant () ou sur des cellules maintenues en culture (). L'évolution a permis aux virus de développer des mécanismes spécifiques et particulièrement efficaces pour incorporer leur génome à l'intérieur des cellules qu'ils infectent. Ce mécanisme d'incorporation de matériel génétique (ADN ou ARN) s'appelle la transduction.
ÉgoutLe plus fréquemment souterrain, un égout est une canalisation ou une conduite en maçonnerie destinée à collecter et à évacuer les différentes eaux, qu'elles soient naturelles telles que les eaux de ruissellement et les eaux pluviales ou produites par l'activité humaine comme les eaux de lavage, les eaux de drainage ou encore les eaux usées (eaux ménagères et eaux-vannes ; eaux grises). vignette|La rue de la Porte mordelaise menant à la cathédrale de Rennes.
Épuration des eauxthumb|Station d'épuration des eaux à Aguas Corrientes, en Uruguay. L’épuration des eaux est un ensemble de techniques qui consistent à purifier l'eau soit pour réutiliser ou recycler les eaux usées dans le milieu naturel, soit pour transformer les eaux naturelles en eau potable. La fin du marque l'essor des réseaux d'égouttage et d'assainissement en France (courant hygiéniste, rénovation de Paris du baron Haussman). Il s'agit d'éloigner les eaux usées des habitations et des lieux de vie.
PharyngiteLa pharyngite est une inflammation du pharynx. On parle de pharyngo-amygdalite lorsqu'il y a une inflammation des amygdales associée. Elle est le plus souvent virale (90 % des cas environ). Plusieurs virus peuvent en être la cause dont voici quelques exemples : adénovirus, rhinovirus, Coxsackie, virus respiratoire syncytial, virus Influenza, parainfluenza, mononucléose infectieuse... Les bactéries ne sont responsables que de 10 % des cas. Le plus fréquent est le Streptocoque β-hémolytique du groupe A (rare chez les moins de 3 ans).
GénomiqueLa génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'un cancer, etc. à l'échelle du génome, au lieu de se limiter à l'échelle d'un seul gène. La génomique se divise en deux branches : La génomique structurale, qui se charge du séquençage du génome entier ; La génomique fonctionnelle, qui vise à déterminer la fonction et l'expression des gènes séquencés en caractérisant le transcriptome et le protéome. La génomique est l'équivalent de la métabolomique pour les métabolites.
Virus respiratoire syncytialLe virus respiratoire syncytial, Human orthopneumovirus, (VRS, ou HRSV pour Human Respiratory Syncytial Virus ; de syncytium) est la cause la plus fréquente, dans le monde, d'infections respiratoires des jeunes enfants. Très contagieux, ce virus infecte principalement les nourrissons âgés de moins de deux ans. Chez l'adulte, l'infection à VRS est rare, bénigne (sauf chez le sujet âgé), elle est responsable d'une rhinite ou d'un syndrome pseudogrippal.
PolyomaviridaePolyomaviridae is a family of viruses whose natural hosts are primarily mammals and birds. As of 2020, there are six recognized genera and 117 species, five of which are unassigned to a genus. 14 species are known to infect humans, while others, such as Simian Virus 40, have been identified in humans to a lesser extent. Most of these viruses are very common and typically asymptomatic in most human populations studied.
ParainfluenzaAu sein de la famille des Paramyxoviridae, les virus parainfluenza (HPIV pour Human parainfluenza virus) sont des virus à ARN compris dans deux genres de la sous-famille des Paramyxovirinae : les Respirovirus pour les virus parainfluenza de et 3 (HPIV-1, -3) les Rubulavirus pour les virus parainfluenza de et 4 (HPIV-2, -4). Les HPIV sont des virus enveloppés. Leur génome est d'une taille d'environ , constitué d'ARN simple brin de polarité négative. Le génome code six protéines principales.
