Potentiel de Lennard-JonesLe potentiel de Lennard-Jones, qui est plus précisément une énergie potentielle, décrit l'interaction entre deux atomes au sein d'un gaz monoatomique de type gaz rare. Bien que ne faisant appel qu'à la seule distance entre deux centres il est également utilisé pour l'interaction de molécules. On peut alors l'interpréter comme potentiel moyen. Son expression en fonction de la distance r entre les deux atomes est : Le potentiel s'annule pour r = d et possède un minimum en r/d = 2 ≈ 1,12246....
Amarrage (moléculaire)vignette|Petite molécule amarrée à une protéine. Dans le domaine de la modélisation moléculaire, l’amarrage (en anglais docking) est une méthode qui calcule l'orientation préférée d'une molécule vers une seconde lorsqu'elles sont liées pour former un complexe stable. Connaître l'orientation préférée sert à prévoir la solidité de l'union entre deux molécules. Les associations entre des molécules d'importance biologique, telles que les protéines, les acides nucléiques, les glucides et les matières grasses jouent un rôle essentiel dans la transduction de signal.
Quantum Monte CarloQuantum Monte Carlo encompasses a large family of computational methods whose common aim is the study of complex quantum systems. One of the major goals of these approaches is to provide a reliable solution (or an accurate approximation) of the quantum many-body problem. The diverse flavors of quantum Monte Carlo approaches all share the common use of the Monte Carlo method to handle the multi-dimensional integrals that arise in the different formulations of the many-body problem.
PyMOLPyMOL est un logiciel libre de visualisation de structures chimiques en 3D créé par Warren DeLano. Il est principalement utilisé par les étudiants, les professeurs et les chercheurs en chimie et en biologie structurale. Il est développé en Python et est multiplateformes. Ainsi, il fonctionne sous Windows, Mac OS X, Linux et les systèmes Unix. Ce logiciel est régulièrement utilisé pour produire des images 3D de grande qualité pour la publication scientifique.
Time-dependent density functional theoryTime-dependent density-functional theory (TDDFT) is a quantum mechanical theory used in physics and chemistry to investigate the properties and dynamics of many-body systems in the presence of time-dependent potentials, such as electric or magnetic fields. The effect of such fields on molecules and solids can be studied with TDDFT to extract features like excitation energies, frequency-dependent response properties, and photoabsorption spectra.
Densité électroniqueright|thumb|300px|Carte de densité électronique dans le plan [1-10] du diamant. En mécanique quantique, et en particulier en chimie quantique, la densité électronique correspondant à une fonction d'onde N-électronique est la fonction monoélectronique donnée par : Dans le cas où est un déterminant de Slater constitué de N orbitales de spin : La densité électronique à deux électrons est donnée par : Ces quantités sont particulièrement importantes dans le contexte de la théorie de la fonctionnelle de la densité : Les coordonnées x utilisées ici sont les coordonnées spin-spatiales.
Ab initioLa locution latine ab initio signifie depuis le début/commencement et est utilisée dans plusieurs contextes : en littérature : racontée depuis le début en opposition à in medias res (signifiant commencer au milieu de l'histoire). comme terme légal : fait référence à quelque chose étant partie du problème depuis le début ou depuis l'instant de l'acte, plus que lorsque la cour l'a déclaré comme tel. Une déclaration judiciaire de l'invalidité d'un mariage ab initio est la nullité.
Champ de force (chimie)vignette|Un champ de force peut par exemple être utilisé afin de minimiser l'énergie d'étirement de cette molécule d'éthane. Dans le cadre de la mécanique moléculaire, un champ de force est un ensemble de potentiels et de paramètres permettant de décrire la structure de l'énergie potentielle d'un système de particules (typiquement, des atomes, mais non exclusivement). L'usage de l'expression champ de force en chimie et biologie numériques diffère ainsi de celui de la physique, où il indique en général un gradient négatif d'un potentiel scalaire.
Recouvrement d'orbitalesEn chimie quantique, un recouvrement d'orbitales est une concentration d'orbitales d'atomes adjacents dans une même région de l'espace. Un tel recouvrement peut conduire à la formation d'une liaison chimique. L'importance du recouvrement des orbitales a été souligné par Linus Pauling pour expliquer les angles de liaison observés expérimentalement et est à la base du concept d'hybridation des orbitales atomiques.
GROMACSGROMACS is a molecular dynamics package mainly designed for simulations of proteins, lipids, and nucleic acids. It was originally developed in the Biophysical Chemistry department of University of Groningen, and is now maintained by contributors in universities and research centers worldwide. GROMACS is one of the fastest and most popular software packages available, and can run on central processing units (CPUs) and graphics processing units (GPUs). It is free, open-source software released under the GNU General Public License (GPL), and starting with version 4.
