L'ontologie est une branche de la philosophie et plus spécifiquement de la métaphysique qui, dans son sens le plus général, s'interroge sur la signification du mot « être ». est une question considérée comme inaugurale, c'est-à-dire première dans le temps et première dans l'ordre de la connaissance. Elle est celle des premiers penseurs de la Grèce antique, tels Parménide et Platon. Elle déborde très largement le strict cadre de la métaphysique qui, née chez Aristote, étudie les différentes modalités et propriétés de l'être (ne posant déjà plus de problème en soi), avec quoi on a tendance à la confondre. Il faut également distinguer l'ontologie en tant que telle de l'ousiologie, laquelle est la science de l'être entendu en tant qu'essence.
Le terme « ontologie », comme celui de métaphysique dans sa signification moderne, n'apparaît que bien plus tard, au début du , où il prend le sens de « philosophie de l'être », mais aussi de « science première ». À suivre Aristote,
À partir de cette définition, Selon Heidegger, ce dont traitent Aristote et ses successeurs, c'est moins de la « question de l'être » en tant que telle, qui demeurera fixée pour lui et ses successeurs dans la métaphysique, que des multiples significations de l'être selon les distinctions repérées par Franz Brentano.
La « scolastique » reprendra cette doctrine en réinterprétant à son tour la « question de l'être » comme métaphysique générale, c'est-à-dire comme science des premiers principes, appelés aussi « transcendantaux » au sens où ils renvoient aux déterminations communes à tous les êtres. À cette métaphysique générale, on opposera la métaphysique spéciale ou « théologie », traitant de la question de Dieu.
vignette|Meditationes.
On a coutume de présenter la naissance de la philosophie et les premières interrogations sur l'être à partir des questions que les hommes se posaient à propos de leur entourage physique. Thalès par exemple, pose comme principe de toutes choses un élément matériel, l'eau.