vignette|upright=1.5|Cycle de la matière organique : minéralisation et humification. Le coefficient humique indique, par type de culture, les restitutions organiques aériennes ou souterraines. Les valeurs indicatives moyennes de ce coefficient sont de 0,10 à 0,15 pour les pailles et résidus de culture, 0,3 pour les fumiers frais et lisiers, 0,5 pour les fumiers compostés.
L'humus est la couche supérieure du sol créée, entretenue et modifiée par la décomposition de la matière organique, principalement par l'action combinée des animaux, des bactéries et des champignons du sol. L’humus est une matière souple et aérée, qui absorbe et retient bien l'eau, de pH variable selon que la matière organique est liée ou non à des minéraux, d'aspect foncé (brunâtre à noir), à l’odeur caractéristique, variable selon qu'il s'agit d'une des nombreuses formes d'humus forestier, de prairie, ou de sol cultivé.
L'humus se distingue du compost par son origine naturelle, mais partage avec lui beaucoup de propriétés, notamment sa capacité à retenir l'eau et les nutriments. Dans le compartiment de la biosphère qu'est le sol, l'humus est la partie biologiquement la plus active. C’est dans les zones tempérées qu’il est le plus abondant, mais on a récemment redécouvert et étudié une sorte d'humus ancien et d'origine humaine en Amazonie : la terra preta, ou terre noire. L'humus est absent des déserts et, plus généralement, de tout milieu dépourvu de végétation (la haute montagne, par exemple).
L'humification est un processus biochimique de néosynthèse de substance organique par augmentation de la taille de certaines molécules.
La capacité d'échange naturelle d'un humus ainsi que sa décomposition lente délivrent aux racines des plantes de l'azote, du phosphore et tous les éléments nutritifs indispensables à la croissance des végétaux. Si l'humus est enfoui par labour ou asphyxié (inondation durable, compression, bâchage étanche), il se dégrade et libère des composés toxiques ainsi que du méthane.