Nodositévignette|Schéma simplifié représentant l'interaction mutualiste entre la plante et les bactéries symbiotiques () dans les . vignette|Nodosités sur racines de soja. Les nodosités ou nodules sont des modifications des poils absorbants des racines, que certaines plantes développent pour améliorer leur nutrition d'azote sous l'action de certaines bactéries. Ces bactériocécidies se forment, sous l'action de bactéries symbiotiques fixatrices de l'azote atmosphérique, essentiellement sur les racines de nombreuses espèces de plantes (Fabacées appelées aussi Légumineuses, Ulmacées, Bétulacées, Casuarinacées, Eleagnacées, Myricacées, Rosacées, etc.
Fungivignette|La présence de sporophores en console du Polypore amadouvier sur le volis et la chandelle d'un hêtre montre que ce dernier a été attaqué par ce champignon nécrotrophe lignicole à l'origine de la pourriture blanche qui creuse le cœur de l'arbre qu'il parasite en le faisant mourir d'épuisement. La poursuite du développement de ce macromycète sur le volis entraîne une modification rapide de l'orientation de la « fructification » en croissance, afin de pouvoir projeter les spores fongiques dans les conditions optimales.
Mycorhizevignette|redresse=1.7|Les filaments mycéliens d'amanite viennent s'agglomérer autour d'un réseau de radicelles pour former un manchon mycélien, appelé manteau fongique. Le manchon de cette ectomycorhize développe vers l'extérieur un réseau constitué d'hyphes, de cordons mycéliens et de rhizomorphes qui explorent le sol jusqu'à plusieurs centimètres de la racine et prélèvent l'eau et les éléments minéraux en accroissant la surface d'échange avec le substrat.
Rhizosphèrevignette|300px|A=Amibe digérant une bactérie BL= Bactérie à énergie limitée BU= Bactérie à énergie non limitée RC=Racine SR=Poils absorbants racinaires F=Mycélium d'un champignon N=Ver nématode.|alt= La rhizosphère est la région du sol directement formée et influencée par les racines et les micro-organismes associés qui font partie du microbiote des plantes. Cette zone est réduite à une ou deux dizaines de centimètres d'épaisseur sous des pelouses ou des prairies, mais elle est parfois beaucoup plus épaisse dans les forêts des zones tempérées.
Réseau mycorhizienvignette|Le réseau mycorhizien établit un système de « relation sociale ». vignette|upright=1.7|Rôle évolutif et écologique majeur du réseau mycorhizien dans le processus de biométéorisation. vignette|Dans le réseau mycorhizien de l'épinette blanche, conifère commun des forêts mixtes, les hyphes mycéliens (en blanc) prennent la forme de fins filaments capables de recouvrir les racines (en marron) comme un duvet. Un réseau mycorhizien se forme lorsque les racines de deux plantes sont colonisées par un même champignon mycorhizien et reliées entre elles.
Ectomycorhizevignette|Différents types d'ectomycorhizes en manchon sur des racines d'arbres. Les ectomycorhizes sont une forme de symbiose mycorhizienne entre des champignons ascomycètes dont les truffes et surtout basidiomycètes dont les Bolets, les Amanites et les Russules et environ 10 % des espèces végétales vasculaires, essentiellement des arbres de l'hémisphère nord. Dans cette association, le champignon forme un manchon cotonneux bien visible et souvent coloré autour de la racine.
RhizobiaRhizobia are diazotrophic bacteria that fix nitrogen after becoming established inside the root nodules of legumes (Fabaceae). To express genes for nitrogen fixation, rhizobia require a plant host; they cannot independently fix nitrogen. In general, they are gram negative, motile, non-sporulating rods. Rhizobia are a "group of soil bacteria that infect the roots of legumes to form root nodules". Rhizobia are found in the soil and after infection, produce nodules in the legume where they fix nitrogen gas (N2) from the atmosphere turning it into a more readily useful form of nitrogen.
Chert de RhynieLe chert de Rhynie (ou plus rarement chaille de Rhynie) est un dépôt sédimentaire contenant des fossiles du Dévonien, trouvé près du village de Rhynie, Aberdeenshire, en Écosse. Un site secondaire nommé chert de Windyfield se situe à 700 mètres du site originel de Rhynie. Le chert de Rhynie constitue un cas particulier de préservation exceptionnelle (Lagerstätte) contenant des végétaux (plantes, algues, champignons, lichens) et des animaux (arthropodes, nématodes) pétrifiés en trois dimensions révélant leur structure interne, grâce à la fixation rapide de minéraux siliceux issue de sources hydrothermales.
PhytohormoneLes phytohormones, ou hormones végétales, contrôlent tous les aspects de la croissance et du développement des plantes, depuis l'embryogenèse, la régulation de la taille des organes, la défense contre les agents pathogènes, la tolérance au stress et jusqu'au développement reproducteur. Les hormones végétales sont des molécules signal, produites dans les plantes à des concentrations extrêmement faibles. Contrairement aux animaux (dans lesquels la production d'hormones est limitée à des glandes spécialisées), chaque cellule végétale est capable de produire des hormones.
Endophytevignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (l'intérieur de la plante : endophyte) mais aussi d'autres compartiments : la rhizosphère (sur et à proximité des racines), la phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol. vignette|Vue au microscope électronique à transmission d'une section transversale d'un nodule racinaire bactérien endophyte dans une racine de soja.
